| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 1,595,365 | A→C | 100% | pseudogene (466/1323 nt) | hipA ← | type II toxin‑antitoxin system serine/threonine protein kinase toxin HipA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,595,365 | 0 | A | C | 100.0% | 393.9 / ‑6.7 | 107 | pseudogene (466/1323 nt) | hipA | type II toxin‑antitoxin system serine/threonine protein kinase toxin HipA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (46/60); total (47/60) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AAGCGAAGTAAAACCGTTCGCTCAGCATTCCAACGCCTGTCAAAACGTTCGACCGCTAACGCGCGCACATTTCCCGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGCGTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCACCAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTACTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAG > NZ_LN832404/1595082‑1595654 | aaGCGAAGTAAACCCGTTCGCTCAGCATTCCAACGCCTGTCAAAACGTTCGACCGCTAACGCGCGCACATTTCCCGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGCGTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCACCAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAg < 1:150052/295‑1 (MQ=255) 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ttCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAATCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTaa > 1:655821/1‑295 (MQ=255) tGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCg > 1:5148/1‑295 (MQ=255) tttctCCTGTGGGCCAGCAACCGAGATGCGAAATTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGaagaag < 2:262269/294‑1 (MQ=255) | AAGCGAAGTAAAACCGTTCGCTCAGCATTCCAACGCCTGTCAAAACGTTCGACCGCTAACGCGCGCACATTTCCCGCTTTAATGATTTCTGCGTCCGGAACATTCAACCCAAGTTCTTTCGCCAGCAGCAGACAGTAATACTCATTATCAACGCTTTGGCTGAGATCGAGCGTCGCATTGGGCTGCCTGATTTCGCCAATCGGTAATTTAATGATGTGCGTCGTCGGCGTTATTCCTTTCGGAATGCACCAGTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTACTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAG > NZ_LN832404/1595082‑1595654 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |