| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_LN832404 | 1,636,424 | 0 | T | C | 50.0% | ‑1.2 / inf | 206 | intergenic (‑485/‑120) | EK12AG100_RS08145/EK12AG100_RS25635 | MHS family MFS transporter/Rac prophage; protein YnaM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/52); new base C (60/43); total (110/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CGGCTGGAAATCATTCAATACTCACACTATCGAAAAATTTACCAGCCAATCGCAGCACGTTCTTGCATAAGGTGTGTCTGCGGTTTTTCAACTATTCAGATACATCACTCCCATCACATTCATTCCTCCGCATCAAAGGCATATAGGCTATATCACCTTGATATTTTTCTTTTTCAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGA > NZ_LN832404/1636137‑1636717 | cGGCTGGAAATCATTCAATACTCACACTATCGAAAAATTTACCAGCCAATCGCAGCACGTTCTTGCATAAGGTGTGTCTGCGGTTTTTCAACTATTCAGATACATCACTCCCATCACATTCATTCCTCCGCATCAAAGGCATATAGGCTATATCACCTTGATATTTTTCTTTTTCAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTTCCACCt > 1:60867/1‑295 (MQ=255) 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tGATTTTTGCCGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAGGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATAATGATAATCTCTTCGCTCCTTATCATATTCATCATTTTTCGTCCTGCTCTACTAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAACACAGATATATACGTCAAAATATCCTGAATAATACATAACATATCGCAATAAAAATCAttaata > 2:897531/1‑295 (MQ=255) gATTTTTGCCGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAGGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACTTCGCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCTCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAatat < 1:209286/295‑1 (MQ=255) ctgcCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTACTTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGTCAAAACCGATGTATAAGTCACCATATCCTGAATCAGAAATACAATATCACAATTAAAATCAATCATATTTTAACGa > 2:207320/1‑295 (MQ=255) | CGGCTGGAAATCATTCAATACTCACACTATCGAAAAATTTACCAGCCAATCGCAGCACGTTCTTGCATAAGGTGTGTCTGCGGTTTTTCAACTATTCAGATACATCACTCCCATCACATTCATTCCTCCGCATCAAAGGCATATAGGCTATATCACCTTGATATTTTTCTTTTTCAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGA > NZ_LN832404/1636137‑1636717 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |