| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_LN832404 | 1,636,603 | C→T | 51.8% | A20A (GCC→GCT) | EK12AG100_RS25635 → | Rac prophage; protein YnaM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,636,603 | 0 | C | T | 51.8% | 39.6 / 311.5 | 224 | A20A (GCC→GCT) | EK12AG100_RS25635 | Rac prophage; protein YnaM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/46); new base T (67/48); total (129/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGAAACATAAAGAAAAAATCATGGCTGGATAACAAA > NZ_LN832404/1636311‑1636896 | cAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCt > 1:516938/1‑295 (MQ=255) 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tCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGAAACATAAAGAAAAAATCATGGCTGGATa < 2:767124/295‑1 (MQ=255) aaaagCCCTAATAAAATTATGGATTGGAATATCCAATAACCCAAACAAAACCGATGAAAAAGTCAACATATCCAGAATCCAACATACAATATCGAAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGAAACATAAAGAAAAAATCATGGCTGGATa < 2:170415/291‑1 (MQ=255) cATGCTCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGAAACATAAAGAAAACATCATGGCTGGATaa > 2:667109/1‑295 (MQ=255) | CAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGAAACATAAAGAAAAAATCATGGCTGGATAACAAA > NZ_LN832404/1636311‑1636896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |