| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 1,637,283 | A→G | 47.0% | Q3R (CAA→CGA) | EK12AG100_RS08155 → | recombinase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,637,283 | 0 | A | G | 47.0% | 62.1 / inf | 266 | Q3R (CAA→CGA) | EK12AG100_RS08155 | recombinase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/72); new base G (62/63); total (131/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
CCACTTTAACAACATTTTGCTCCACTTTTCCACGACCAAACAACTTGAAATCTGGTTAAAATAACACGCAACACTATTCTTCTTCCTTGAGTCCGCCCGGAACTCGAAAAACAAACCGAGTTAAAGCCATTTTTCACAAAATCGATTTTGGGTCTCACCAAAATTACGGGGTTGCATACGCATTCGTTTATTTTCGAACGTGTACATACAAATATGCACAAAAATAATCATAATTATTTTCTGAGATGCATTATGATATGAACACCAATTTCGTATAGAGTCTCACTATGTCTCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGCATT > NZ_LN832404/1636989‑1637574 | ccACTTTAACAACATTTTGCTCCACTTTTCCACGACCAAACAACTTGAAATCTGGTTAAAATAACACGCAACACTATTCTTCTTCCTTGAGTCCGCCCGGAACTCGAAAAACAAACCGAGTTAAAGCCATTTTTCACAAAATCGATTTTGGGTCTCACCAAAATTACGGGGTTGCATACGCATTCGTTTATTTTCGAACGTGTACATACAAATATGCACAAAAATAATCATAATTATTTTCTGAGATGCATTATGATATGAACACCAATTTCGTATAGAGTCTCACTATGTCTCa > 1:489307/1‑295 (MQ=255) 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gTCTCACTATGTCTCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCa > 2:177293/1‑295 (MQ=255) tctcACTATGTCTCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCACTTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGCGTGCAt > 1:880766/1‑295 (MQ=255) tATGTCTCGAATTTTTGCTTACGGTCGGATATCAACGATGGATCAGACCGCCGAAGATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGTTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAAACGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAAGTGATTGTGGCAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCATGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTa < 1:795932/295‑1 (MQ=255) | CCACTTTAACAACATTTTGCTCCACTTTTCCACGACCAAACAACTTGAAATCTGGTTAAAATAACACGCAACACTATTCTTCTTCCTTGAGTCCGCCCGGAACTCGAAAAACAAACCGAGTTAAAGCCATTTTTCACAAAATCGATTTTGGGTCTCACCAAAATTACGGGGTTGCATACGCATTCGTTTATTTTCGAACGTGTACATACAAATATGCACAAAAATAATCATAATTATTTTCTGAGATGCATTATGATATGAACACCAATTTCGTATAGAGTCTCACTATGTCTCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGCATT > NZ_LN832404/1636989‑1637574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |