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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
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cgttaaagaagGTTAAGAATGAGCTC‑AGGACGGTAATGCCAAGTGGGACATGGGTTAAAAATATCCAACCCCGGTAAAGGGTAACAACAGAGTAACCGCCCGAGAACGGGAGAGTTATCGGAGCGATAATCACGGTCAGGGATAATAAAGCCAGAGCAAATGTTATTTATACTGGCGGATAATTCCTTAGAAATAAACTCTGAGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCGGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGGCGATAGGCTACACATTAATGa < 2:117307/287‑1 (MQ=255) taagtaagGTTAAG‑AAAAAGTCAAGAACGATAACCCCCACAGGAACATGGATTAAAAATACCCAACCCCAGATAAAATTATCAAAAATATAACCGCCCAATATCGGCCAACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGa < 2:134359/295‑1 (MQ=255) gtaagGTTAAGCATAATGTC‑AGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAg > 1:632043/1‑295 (MQ=255) gtaagGATAAGAATAATGTC‑AGGACGATAATCCCCATAGGGACATTCATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGCTATAACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCTAAGCGCTAATCACGGTCCTTGACCATAATGCCAGAGCAACTGTTCTTTTTTCTCGCCGCTAGTTCCTCAATAAAAAACCCTGCCACAGTGGCAATCACCGCCCCACCATTCAACCCTGACCGCCGCACGAAAATCGCGGCACCTCACACCTGGTCGACAGCCCACACATTaaccaccacaa > 2:719698/1‑286 (MQ=255) taagGTTAAGCATAATGTC‑AGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATCAACTCTGTGACAGTGGCATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACCCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTCcacagatcggaagcgcac > 1:32907/1‑281 (MQ=255) gTTAAGCATAATGTC‑AGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGACTCAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGCACGACTCTAAACAATATCAGCACATCAAGATTTGTCGATAGGCTACACATTACTGAAGACAGCGaaa > 1:24862/1‑295 (MQ=255) | AATACGCGCATGTGATACTCACAATACCAATGGTGAAGTTACGGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCATAATGTC‑AGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAA > NZ_LN832404/2484197‑2484775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |