Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NZ_LN832404 | 575,773 | C→T | 100% | T21T (ACG→ACA) | bor ← | serum resistance lipoprotein Bor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_LN832404 | 575,773 | 0 | C | T | 99.0% | 366.5 / ‑4.6 | 101 | T21T (ACG→ACA) | bor | serum resistance lipoprotein Bor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (47/53); total (47/54) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATTAATGAGCAGTGCAGATAGAGTTGCCCATATCGATGGGCAACTCATGCAATTATTGTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTGGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGCCGGTTTGTTTTGAACAGTAAACGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCT‑TTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AA‑A‑ACGATGCACACAGGGTTTAGCGCG > NZ_LN832404/575490‑576063 | atTAATAGGCAGTGCAGATAGTGCTGACCATCTGGATGGGAAAATCATGCAATTATTTTTAGCAATACCCACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGc < 2:653660/295‑1 (MQ=255) aTGAGCAGTGCAGATAGAGCTGACCATATCGATGGGCAACTCATGCAA‑TATTTTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATc < 1:246037/295‑1 (MQ=255) aGCAGTGCAGATAGAGCTGACCATATCGATGGGCAACTCATGCAATTATTTTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCt > 1:315162/1‑295 (MQ=255) aagggCAGAGAGAGCGGACCATATCGATGTGCAAACCATGCAATTATTTTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCTGAGTATAAATGCCTAAAGGAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTGTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGt < 2:729427/291‑1 (MQ=255) aGATAGAGCTGACCATATCGATGGGCAACTCATGCAATTATTTTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAg < 1:839891/295‑1 (MQ=255) gATAGAGCTGACCATATCGATGGGCAACTCATGCAATTATTTTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGTCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCAACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGCAGACATGATGGGCGATGCTTTTCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAATAGGAAATGCATGTTGTGTTCTCCCTGTAATAAGc > 2:292145/1‑295 (MQ=255) cATATCGATGGGCAACTCATGCAATTATTTTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATAGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCa < 1:13301/295‑1 (MQ=255) atatCGATGGGCAACTCATGCAATTATTTTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGCTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAg > 2:76665/1‑295 (MQ=255) atCTATGGGCAACTCATGCAATTATTTTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCTAGCACTACATTTACGATTGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGAGAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACGATAAATGTCTGTTGGACACACGCTTTGATAAGCCGGGCAAGCCCAGTa > 2:216379/1‑295 (MQ=255) tCGATGTGCAACCCATTCAATTATTTTGAGCAATACACCCGCGCTTCCAGCTGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCAGTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTAGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGTCTGTTTGTTTTGAACAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAg < 2:310014/295‑1 (MQ=255) 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cAGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCT‑TTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAA‑A‑ACGATGCACACAGGGTTTAg > 1:136232/1‑295 (MQ=255) cAGTAAATGTCGGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCT‑TTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAA‑A‑ACGATGCACACAGGGTTTAg < 1:281329/295‑1 (MQ=255) cAGTAAATGGCTGTTGAGCACATCCTGTAATTAGCAGGGCCAGCGGAGTAGCGAGTAGCAGTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCT‑TTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGACCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAA‑A‑ACGATGCACACAGGGTTTAg < 2:270847/295‑1 (MQ=255) aGTAAATGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCT‑TTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAA‑A‑ACGATGCACACAGGGTTTAgc < 2:221133/295‑1 (MQ=255) tAAATGACTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGAAGGGTCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCAGATGCG‑CGTTGCAGTTCGCAGAAACGTATGTGTAGATATCTAAACAAGCCGTTAACAATGAATTGAAATTTACGATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATGGTCATTGTATTCACGGATTAACGATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAA‑A‑ACGAGGAAAAAAGGGTTTAgcgc < 1:315534/295‑1 (MQ=255) aaaTGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCT‑TTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGCCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATTAAA‑A‑ACGATGCACACAGGGTTTAGcgcg > 2:52698/1‑295 (MQ=255) | ATTAATGAGCAGTGCAGATAGAGTTGCCCATATCGATGGGCAACTCATGCAATTATTGTGAGCAATACACACGCGCTTCCAGCGGAGTATAAATGCCTAAAGTAATAAAACCGAGCAATCCATTTACGAATGTTTGCTGGGTTTCTGTTTTAACAACATTTTCTGCGCCGCCACAAATTTTGGCTGCATCGACAGTTTTCTTCTGCCCAATTCCAGAAACGAAGAAATGATGGGTGATGGTTTCCTTTGGTGCTACTGCTGCCGGTTTGTTTTGAACAGTAAACGTCTGTTGAGCACATCCTGTAATAAGCAGGGCCAGCGCAGTAGCGAGTAGCATTTTTTTCATGGTGTTATTCCCGATGCT‑TTTTGAAGTTCGCAGAATCGTATGTGTAGAAAATTAAACAAACCCTAAACAATGAGTTGAAATTTCATATTGTTAATATTTATTAATGTATGTCAGGTGCGATGAATCGTCATTGTATTCCCGGATTAACTATGTCCACAGCCCTGACGGGGAACTTCTCTGCGGGAGTGTCCGGGAATAATT‑AA‑A‑ACGATGCACACAGGGTTTAGCGCG > NZ_LN832404/575490‑576063 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |