| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 3,862,813 | G→A | 100% | intergenic (‑28/+168) | EK12AG100_RS19170 ← / ← ibpB | putative transporter/heat shock chaperone IbpB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,862,813 | 0 | G | A | 100.0% | 355.7 / ‑6.7 | 97 | intergenic (‑28/+168) | EK12AG100_RS19170/ibpB | putative transporter/heat shock chaperone IbpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (46/50); minor base C (1/0); total (47/50) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AGACGCGCAATGAGGCAAAGAAGCCCGGCCCTACCTGAATCCCGATAGTATAAACGAACAGGATCAGGCCAAATTCCTGAATAACATGCAGCATATCGCTACTTAATGTCATCCCCGCCTGAGAAACAAAATGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACGCCGCCAATACCTAATCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGATAAACAAACCGACGACTGCCACCAAAGCCAGAATACTGACCGTTAATGCTATATCACTCATCGTCCATTTCTCTTGAGATAACATTTTGATTGCTACGAATTATGGCTGAATCGGTGAAGCAGATTTGCCTTATAGCGCACATTATCACGGGAAAGAACGTGCCGAAATATCTTAAACAGTCGAAATTTAACGCATTGTTGAGTAAGTAAGACAAAAAAAGCCCCACCAGAATGGCGGGGCAAAGAGAATAGCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCAT > NZ_LN832404/3862521‑3863103 | agaCGCGCAATGAGGCAAAGAAGCCCGGCCCTACCTGAATCCCGATAGTATAAACGAACAGGATCAGGCCAAATTCCTGAATAACATGCAGCATATCGCTACTTAATGTCATCCCCGCCTGAGAAACAAAATGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACGCCGCCAATACCTAATCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGATAAACAAACCGACGCATGCCACCAAAGCCAGAACACTGACCGTTAATGCTATATCACACATCGTCCATTTCTCTTGAGATAACATTTTAAt > 2:749867/1‑295 (MQ=255)agaCGCGCAATGAGGCAAAGAAGCCCGGCCCTACCTGAATCCCGATAGTATAAACGAACAGGATCAGGCCAAATTCCTGAATAACATGCAGCATATCGCTACTTAATGTCATCCCCGCCTGAGAAACAAAATGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACGCCGCCAATACCTAATCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGATAAACAAACCGACGACTGCCACCAAAGCCAGAATACTGACCGTTAATGCTATATCACTCATCGTCCCTTTCTCTTGAGATAACATTTTAAt > 1:376931/1‑295 (MQ=255) aCGCACAATAAGGCAAAGAAGCCCGGCCCTACCTACATCCCGATAGTATTAACGAACATGATCAGACCAAATTCCAGAATAACATGCGGCATAACGCTACTTAGTGTCATCCCCGCCTGAGAAACAAAACGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACTCCGCCAATACCTAATCCTATGCCTCGAAATTTGACGTTACCGATAAACAAACCGACGACTGCCACCAAAGCCAGAATACTGACCGTTCATGCTATATCACTCATCGTCCATTTCTCTTGAGATAACATTTTAATTg < 2:125158/295‑1 (MQ=255) gcAAGGAGGCAAAGAAGCCCGGCCCTACCTGAATCCCGATAGTATAAACGAACAGGATCAGGCCAAATTCCTGAATAACATGCAGCATATCGCTACTTAATGTCATCCCCGCCTGAGAAACAAAATGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACGCCGCCAATACCTAATCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGATAAACAAACCGACGACTGCCACCAAAGCCAGAATACTGACCGTTAATGCTATATCACTCATCGTCCATTTCTCTTGAGATAACATTTTAATTGCTAc < 1:117081/295‑1 (MQ=255) aaTGAGGCAAAGAAGCCCGGCCCTACCTGAATCCCGATAGTATAAACGAACAGGATCAGGCCAAATTCCTGAATAACATGCAGCATATCGCTACTTAATGTCATCCCCGCCTGAGAAACAAAATGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACGCCGCCAATACCTAATCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGATAAACAAACCGACGACTGCCACCAAAGCCAGAATACTGACCGTTAATGCTATATCACTCATCGTCCATTTCTCTTGAGATAACATTTTAATTGCTACgg < 1:278643/295‑2 (MQ=255) aTGAGGCAAAGAAGCCCGGCCCTACCTGAATCCCGATAGTATAAACGAACAGGATCAGGCCAAATTCCTGAATAACATGCAGCATATCGCTACTTAATGTCATCCCCGCCTGAGAAACAAAATGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACGCCGCCAATACCTAATCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGATAAACAAACCGACGACTGCCACCAAAGCCAGAATACTGACCGTTAATGCTATATCACTCATCGTCCATTTCTCTTGAGATAACATTTTAATTGCTACgga > 1:270081/1‑293 (MQ=255) ctgggCAAAGAAGCCCGGCCCTACCTAAATCCCGATAGTAAAAACGAACAGGATCAGGCCAAATTCCGGAATAACATGCAGCATACCGCTACTTAATGTCATCCCCGACGGAGAAACAAAACGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACGCCGCCAATACCTAATCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGATAAACAAACCGACGACTGCCACCAAAGCCAGAATACTGACCGTTAATGCTATATCACTCATCGTCCATTTCTCTTGAGATAACATTTTAATTGCTACGGAt < 2:53093/292‑1 (MQ=255) 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aagaagCCCGGCCCTACCTGAATCCCGATAGTATAAGCGAACAGGATCAGGCCAAATTCCTGAATAACATGCAGCATATCGCTACTTAATGTCATCCCCGCCTGAGAAACAAAATGGCCGACGATGATCCCAACAAACAGCACGCCGCCAATACCTAATCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGACAAACAAACCGACGACTTCCACCAAAGCCAGAATACTGACACTTAATGCTATTTCCCACACAGCCCATTTCCCTAGACATAAAATTTTAATTGCTACGCACTATGGCt > 2:878021/1‑295 (MQ=255) aagaagCCCGGCCCTACCTGAATCCCGATAGTATAAACGAACAGGATCAGGCCAAATTCCTGAATAACATGCAGCATATCGCTACTTAATGTCATCCCCGCCTGAGAAACAAAATGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACGCCGCCAATACCTAATCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGATAAACAAACCGACGACTGCCACCAAAGCCAGAATACTGACCGTTAATGCTATATCACTCATCGTCCATTTCTCTTGAGATAACATTTTAATTGCTACGGATTATGGCt > 1:435323/1‑295 (MQ=255) gCCCGGCCCTACCGAAAGCCAGATAGGATAACCGAACAGGAGCAGGCCAAAATCCAGAATAACATGCAGCATATCGCTACTGAAGTTCATCCCGGCCTGAGAAACAAAATGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACGCCGCCAATACCTAAGCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGATAAACAAACCGACGACTGCCACCAAAGCCAGAATACTGACCGTTAATGCTATATCACTCATCGTCCATTTCTCTTGAGATAACATTTTAATTGCTACGGATTATGGCTGAATc < 2:551692/295‑1 (MQ=255) 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AGACGCGCAATGAGGCAAAGAAGCCCGGCCCTACCTGAATCCCGATAGTATAAACGAACAGGATCAGGCCAAATTCCTGAATAACATGCAGCATATCGCTACTTAATGTCATCCCCGCCTGAGAAACAAAATGGCCGACGATGATCCCACCAAACAGCACGCCGCCAATACCTAATCCTATGCCGCGAAATTTGACGTTGCCGATAAACAAACCGACGACTGCCACCAAAGCCAGAATACTGACCGTTAATGCTATATCACTCATCGTCCATTTCTCTTGAGATAACATTTTGATTGCTACGAATTATGGCTGAATCGGTGAAGCAGATTTGCCTTATAGCGCACATTATCACGGGAAAGAACGTGCCGAAATATCTTAAACAGTCGAAATTTAACGCATTGTTGAGTAAGTAAGACAAAAAAAGCCCCACCAGAATGGCGGGGCAAAGAGAATAGCTAGTTAGCTATTTAACGCGGGACGTTCGCTGATAGCGATACGCTGCGCTGCGATGGGTTCAGGCTCATTACGAATTAAATCAATATGCAGTAAACCGTTTACGAAGGTTGCGCCAGAGACTTCCAT > NZ_LN832404/3862521‑3863103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |