| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 577,243 | T→C | 100% | R48R (AGA→AGG) | EK12AG100_RS02875 ← | YlcI/YnfO family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_LN832404 | 577,243 | 0 | T | C | 100.0% | 370.3 / ‑6.7 | 105 | R48R (AGA→AGG) | EK12AG100_RS02875 | YlcI/YnfO family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (51/53); minor base G (0/1); total (51/54) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AAGCATTCAGAGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTATTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTCTGTCACTGTCAGGAAAGTGGTAAAACTGCAACTCAATTACTGCAATGCCCTCGTAATTAAGTGAATTTACAATATCGTCCTGTTCGGAGGGAAGAACGCGGGATGTTCATTCTTCATCACTTTTAATTGATGTATATGCTCTCTTTTCTGACGTTAGTCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGA > NZ_LN832404/576951‑577534 | aaGCATTCAGGGCAATTGAGACAGCGTTAGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAGCTGCTAATCATTCAAACTACTTAACCTGTGACAGGGCCAACACGCAGTCTGTCACTGTCAGGAAAGTGGTAAAACTGCAACTCAATTACTGCAATGCACTCGTAATTAAGTGAATTTACAATATCGTCCTGTTCGGAGGGAAGAACGCGGGATGTTCATTCTTCATCACTTTTAATTGATGTATATGCTCTCTTTTCTGACGTTAGcct < 1:530525/295‑1 (MQ=255) 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tctctTTTCTGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCAc > 2:274318/1‑295 (MQ=255) ttttCTGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTtg < 2:105175/295‑1 (MQ=255) tCTGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGa < 1:323395/295‑1 (MQ=255) cTGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGAGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCGGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTCTTGTCTGAAGTTGTTTTTCCGTTAAGTTGATGCAGAGCAATTAATACGATACCTGCTTACTAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGGTCGTtgtggc > 2:899213/1‑293 (MQ=14) tGACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACa > 1:8582/1‑295 (MQ=255) gACGTTAGCCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACAt < 1:102322/295‑1 (MQ=255) | AAGCATTCAGAGCAATTGAGGCAGCGTTGGTGAAGCACGATAATAATATGAAGGATTATTCCCTGGTGGTTGACTGATCACCATAACTGCTAATCATTCAAACTATTTAACCTGTGACAGAGCCAACACGCAGTCTGTCACTGTCAGGAAAGTGGTAAAACTGCAACTCAATTACTGCAATGCCCTCGTAATTAAGTGAATTTACAATATCGTCCTGTTCGGAGGGAAGAACGCGGGATGTTCATTCTTCATCACTTTTAATTGATGTATATGCTCTCTTTTCTGACGTTAGTCTCCGACGGCAGGCTTCAATGACCCAGGCTGAGAAATTCCCGGACCCTTTTTGCTCAAGAGCGATGTTAATTTGTTCAATCATTTGGTTAGGAAAGCGGATGTTGCGGGTTGTTGTTCTGCGGGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGA > NZ_LN832404/576951‑577534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |