| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 577,658 | A→G | 100% | intergenic (‑272/‑117) | EK12AG100_RS02875 ← / → EK12AG100_RS02885 | YlcI/YnfO family protein/DNA‑packaging protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 577,658 | 0 | A | G | 100.0% | 369.5 / ‑6.7 | 108 | intergenic (‑272/‑117) | EK12AG100_RS02875/EK12AG100_RS02885 | YlcI/YnfO family protein/DNA‑packaging protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (50/56); minor base T (0/2); total (50/58) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GGTTCTGTTCTTAGTTGACATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCATAACTTAATGTATTTATTTAAAATACCCCCTGAAAAGAAAGGAAACGACAGGTGCTGAAAGCGAGCTTTTTGGCCTCTGTCGTTTCCTTTCTCTGTTTTTGTCCGTGGAATGTGCAATGGAAGTCAACAAAAAGCAGCTGGCTGACATTTTCGGTGCGAGTATCCGTACCATTCAGAACTGGCAGGAACAGGGAATGCCCGTTCTGCGAGGCGGTGGCAAGGGTAATGAGGTGCTTTATGACTCTGCCGCCGTCATAAAATGGTATGCCGAAAGGGATGCTGAAATTGAGA > NZ_LN832404/577366‑577949 | ggTTCTGTTCTTAGTTGGCATGAGGTTGCCCCGTATTCAGTGTCGCTGATTTGTATTGTCTGAAGTTGTTTTTACGTTAAGTTGATGCAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCCGACAGGTTACGGGGCGGCGACCTCGCGGGTTTTCGCTATTTATGAAAATTTTCCGGTTTAAGGTGTTTCCGTTCTTCTTCGTCGTa < 1:26095/295‑1 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |