Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NZ_LN832404 | 3,725,952 | 2 bp→CC | 100% | intergenic (‑69/+2) | xylB ← / ← xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_LN832404 | 3,725,952 | 0 | T | C | 100.0% | 662.6 / ‑6.7 | 181 | intergenic (‑69/+3) | xylB/xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (79/100); minor base A (1/0); total (80/101) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
* | NZ_LN832404 | 3,725,953 | 0 | T | C | 100.0% | 661.4 / ‑6.7 | 181 | intergenic (‑70/+2) | xylB/xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (80/100); total (80/101) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
CAATACCCAATGCTTTAACGTCCTGCAGAGAATGCTGATCGCCCAGAGCTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCT‑TTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTT‑AAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAGTGACATTTGGCCTTTCAGGATTTGCTGGCCCAATTCGCTATTCCAGCCGGAATAACGCTGCGCGATGCGTTTATCCAGCTCGCCATCTTCAATCATGCGCGCTGCAATTTTCAGCGCCAGTGCCATCGTATCCATCGCGCCGATATGACCGTAAAACAGATCATATTTATCAGTA > NZ_LN832404/3725664‑3726240 || cccAATGCTTTAACGTCCTGCAGAGAATGCTGATCGCCCAGAGCTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCT‑TTTCCGTTTGCGCAGCAACCAACTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTT‑CAAAAAATGACCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCAACGTTAGCCGTGAttttta > 2:502924/1‑292 (MQ=255) 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gcgATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCT‑TTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTT‑AAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGAt > 1:319757/1‑295 (MQ=255) gggtCAGTGGCCTGCCACCACGGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCT‑TTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTT‑AAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATg < 2:60279/292‑1 (MQ=255) gtgccggcgcccacTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACAAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCT‑TTGTCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTT‑AAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGga < 2:294480/285‑1 (MQ=255) 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ggACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAGTGACATTTGGCCTTTCAGGATTTGCTGGCCCAATTCGCTATTCCAGCCGGAATAACGCTGCGCGATGCGTTTATCCAGCTCGCCATCTTCAATCATGCGCGCTGCAATTTTCAGCGCCAGTGCCATCGTATCCATCGCGCCGATATGACCGTAAAACAGATCatat < 2:679403/295‑1 (MQ=255) cTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAGTGACATTTGGCCTTTCAGGATTTGCTGGCCCAATTCGCTATTCCAGCCGGAATAACGCTGCGCGATGCGTTTATCCAGCTCGCCATCTTCAATCATGCGCGCTGCAATTTTCAGCGCCAGTGCCATCGTATCCATCGCGCCGATATGACCGTAAAACAGATCATATTTa < 1:867998/295‑1 (MQ=255) acaGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAGTGACATTTGGCCTTTCAGGATTTGCTGGCCCAATTCGCTATTCCAGCCGGAATAACGCTGCGCGATGCGTTTATCCAGCTCGCCATCTTCAATCATGCGCGCTGCAATTTTCAGCGCCAGTGCCATCGTATCCATCGCGCCGATATGACCGTAAAACAGATCATATTTATCAg < 2:272175/295‑1 (MQ=255) || CAATACCCAATGCTTTAACGTCCTGCAGAGAATGCTGATCGCCCAGAGCTTTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCT‑TTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTT‑AAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAGTGACATTTGGCCTTTCAGGATTTGCTGGCCCAATTCGCTATTCCAGCCGGAATAACGCTGCGCGATGCGTTTATCCAGCTCGCCATCTTCAATCATGCGCGCTGCAATTTTCAGCGCCAGTGCCATCGTATCCATCGCGCCGATATGACCGTAAAACAGATCATATTTATCAGTA > NZ_LN832404/3725664‑3726240 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |