| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_LN832404 | 1,619,412 | C→A | 7.3% | intergenic (+73/‑5) | EK12AG100_RS08055 → / → yneK | LysR family transcriptional regulator/putative protein YneK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_LN832404 | 1,619,412 | 0 | C | A | 7.3% | 353.5 / 13.2 | 102 | intergenic (+73/‑5) | EK12AG100_RS08055/yneK | LysR family transcriptional regulator/putative protein YneK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/48); new base A (4/4); total (50/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAAC‑TGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGACAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGA > NZ_LN832404/1619125‑1619704 | ccTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAAC‑TGTTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCACTGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATATTGATGTTCCTATGACTTATGACTATCTTGGGCAAACATGGtt > 2:347099/1‑298 (MQ=255) acgtaGGGGCAGGCATTGGGCTTATGCCGCGCGCTGTGATGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGGTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAGC‑TGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTa < 2:659123/294‑1 (MQ=255) gCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAAC‑TGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAg < 1:972759/298‑1 (MQ=255) cAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAAC‑TGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGc > 1:216793/1‑298 (MQ=255) 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cgcgCTCGTTGTTGGAAAGGATGCCGGGGCAGCACCAGGTTGGAGCGGGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCATTGATTAGCAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAAC‑TGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCt < 2:622814/298‑1 (MQ=255) gcgcTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAATACACGTCCGCCCGAGGCATTTATTCAAC‑TGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATCTCACTGAGTTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCCCTATATCGTGATGTTCCGACGACTTATGACTCTATGGGGCTAATAATGTTACCGCTGTTATCATCAGCAATTCCATTACTCttatcg > 2:324016/1‑294 (MQ=255) aTGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAAC‑TGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGAttt < 1:669865/298‑1 (MQ=255) 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tatGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGACAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATg > 1:952792/1‑298 (MQ=255) tatGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGAACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGACAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATg < 1:347099/298‑1 (MQ=255) tGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGACAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGa < 1:609060/298‑1 (MQ=255) | CCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAAC‑TGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGACAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAATGGA > NZ_LN832404/1619125‑1619704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |