Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC | NZ_LN832404 | 1,982,569 | (ATTA)2→1 | 68.2% | intergenic (‑536/‑117) | flhD ← / → uspC | flagellar transcriptional regulator FlhD/universal stress protein UspC |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_LN832404 | = 1982568 | 24 (0.220) | 51 (0.480) | 38/550 | NT | 68.2% | intergenic (‑535/‑121) | flhD/uspC | flagellar transcriptional regulator FlhD/universal stress protein UspC |
? | NZ_LN832404 | 1982573 = | 24 (0.220) | intergenic (‑540/‑116) | flhD/uspC | flagellar transcriptional regulator FlhD/universal stress protein UspC |
TTTCAATCTGTTAAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAATGTACAATCAATTAGCTGCGCCGATGCTTGAAGATT > NZ_LN832404/1982434‑1982857 | aaagaaaggcaacaatcaacttaatgttAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAtctttactaataatcagactaatatttacctgtttgaccgagttgggattgcgtcgtttctccattaggagtaaagctttaatgtcacctgaagttcacagaataaggaacaggttatgagctatagcaatattcttgtcgctgttgcggttaca > 1:1001025‑M1/14‑135 (MQ=255) agaaaggcaacaatcaaattaatgTTAATTAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGGTTAATGCGGAGATTCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAtctttactaataatcagactaatatttacctgtttgaccgagttgggattgcgtcgtttctccattaggagtaaagctttaatgtcacctgaagttcacagaataaggaacaggttatgagctatagcaatattcttgtcgctgttgcggttacacc < 1:768341‑M1/279‑158 (MQ=255) gtgaacaatcaactTAATGTTAAAGAAAAGTTTTACATATATTAACCACTTGGTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTGCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAtctttactaataatcagactaatatttacctgtttgaccgagttgggattgcgtcgtttctccattaggagtaaagctttaatgtcacctgaagttcacagaataaggaacaggttatgagctatagcaatattcttgtcgctgttgcggttacaccggaaa < 2:536020‑M1/284‑163 (MQ=255) gcaacaatcaacTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAtctttactaataatcagactaatatttacctgtttgaccgagttgggattgcgtcgtttctccattaggagtaaagctttaatgtcacctgaagttcacagaatacggaacaggttatgagctatagcaatattcttgtcgctgttgcggttacaccggaaag > 1:673‑M1/6‑127 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |