New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_LN832404 | = 804283 | 24 (0.220) | 96 (0.930) | 85/528 | NT | 85.1% | intergenic (‑61/+74) | EK12AG100_RS03990/EK12AG100_RS03995 | putative acyl‑CoA thioester hydrolase/tyrosine‑type recombinase/integrase |
? | NZ_LN832404 | 849715 = | 11 (0.110) | intergenic (‑766/+90) | EK12AG100_RS04330/EK12AG100_RS04335 | AAA family ATPase/kinase inhibitor |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GTTATGCAGGTCGTAGTGGGTGGCACACAAAGCTTTGCACTGGATTGCGAGGCTTTGTGCTTCTCTGGAGTGCGACAGGTTTGATGACAAAAAATTAGCGCAAGAAGACAAAAATCACCTTGCGCTAATGCTCTGTTACAGGTCACTAATACCATCTAAGTAGTTGATTCATAGTGACTGCATATGTTGTGTTTTACAGTATTATGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTATATCCAGCGCGTGAACGGTAAAAATGTAGCGATGAGTTTCGCCTTTCGGCGGTGCTGCGCCATCGTACCCGGTTTTACCAAAGTCGGTACGCGTCT > NZ_LN832404/849426‑850004 | gTTATGCAGGTCGTAGTGGGTGGCACACAAAGCTTTGCACTGGATTGCGAGGCTTTGTGCTTCTCTGGAGTGCGACAGGTTTGATGACAAAAAATTAGCGCAAGAAGACAAAAATCACCTTGCGCTAATGCTCTGTTACAGGTCACTAATACCATCTAAGTAGTTGATTCATAGTGACTGCATATGTTGTGTTTTACAGTATTATGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTTTTATACTAAc > 1:1035852/1‑290 (MQ=255) aGGTCGGAGGGGGTGGCAAACAAAGCGTTGCACTGGATTGCGAGGCTTTGTGCTTCTATGGGGTGCGACAGGGTTGATGACAAAAAATTAGCGCAAGAAGACAAAAATCACCTTGCGCTAATGCTCTGTTACAGGTCACTAATACCATCTAAGTAGTTGATTCATAGTGACTGCATATGTTGTGTTTTACAGTATTATGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTTTTATACTAACTTGAGCg < 2:706530/290‑1 (MQ=255) ggggaaggattccacgctgcagcacctggtgtcagggatgcaaaatagtgttgagcatcgaaattctgcgcttcttttgccgacagaatcgggcgagaagaggtaccaggcgcggtttgatcagaaggacgttgatcgggcggggttgagctacaggcggtcagcgtcacgccaaaagccaatgccagcgccagacgggaaactgaaaatgtgttcacaggttgctccgggctatgaaatagaaaaatgaatccgttgaagcctgcttttttatactaaCTTGAGCGaaa < 1:799568‑M2/11‑1 (MQ=255) tgaGTGGGTGGCACACAAAGCTTTGCACTGGATTGCGAGGCTTTGGGCTTATCTGGAGTGCGACAGGTTTGATGACAAAAAATTAGCGCAAGAAGACAAAAATCACCTTGCGCTAATGCTCTGTTACAGGTCACTAATACCATCTAAGTAGTTGATTCATAGTGACTGCATATGTTGTGTTTTACAGTATTATGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACg < 2:292144/288‑1 (MQ=255) attccacgctgcagcacctggtgtcagggatgcaaaatagtgttgagcatcgaaattctgcgcttcttttgccgacagaatcgggcgagaagaggtaccaggcgcggtttgatcagaaggacgttgatcgggcggggttgagctacaggcggtcagcgtcacgccaaaagccaatgccagcgccagacgggaaactgaaaatgtgttcacaggttgctccgggctatgaaatagaaaaatgaatccgttgaagcctgcttttttatactaaCTTGAGCGAAACGGGAAgg < 1:642247‑M2/19‑1 (MQ=255) acgctgcagcacctggtgtcagggatgcaaaatagtgttgagcatcgaaattctgcgcttcttttgccgacagaatcgggcgagaagaggtaccaggcgcggtttgatcagaaggacgttgatcgggcggggttgagctacaggcggtcagcgtcacgccaaaagccaatgccagcgccagacgggaaactgaaaatgtgttcacaggttgctccgggctatgaaatagaaaaatgaatccgttgaagcctgcttttttatactaaCTTGAGCGAAACGGGAAGGTaaaa > 2:100407‑M2/267‑290 (MQ=255) gctgcatgacctggtggcagggatgcaaaatagtgttgagcatcgaaattttgctcttcgtttgccgacagaatcgggcgagaagaggtaccaggcgcggtttgatcagaaggacgttgatcgggcggggttgagctacaggcggtcagcgtcacgccaaaagccaatgccagcgccagacgggaaactgaaaatgtgttcacaggttgctcctggctatgaaatagaaaaatgaatccgttgaagcctgcttttttatactaaCTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAg < 1:686849‑M2/26‑1 (MQ=255) 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taatggatgcaaaagcgtgtttggcatcgaaattttgcgctgctttggccgacagaagcgggcgggaagaggtaccaggcgcggtttgatcagaaggacgtggatcgggcggggttgagctacaggcggtcagcgtcacgccaaaagccaatgccagcgccagacgggaaactgaaaatgtgttcacaggttgctccgggctatgaaatagaaaaatgaatccgttgaagcctgcttttttatactaaCTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGttttt < 2:558473‑M2/42‑1 (MQ=255) agggatgcaaaatagtgttgagcatcgaaattctgcgcttcttttgccgacagaatcgggcgagaagaggtaccaggcgcggtttgatcagaaggacgttgatcgggcggggttgagctacaggcggtcagcgtcacgccaaaagccaatgccagcgccagacgggaaactgaaaatgtgttcacaggttgctccgggctatgaaatagaaaaatgaatccgttgaagccttcttttttatactaaCTTGAGCGAAACGGGAAGGGCAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTaa > 2:1023699‑M2/247‑290 (MQ=255) gggatgcaaaatagtgtggagcatcgaaattctgcgcttctgttgccgacagaatcgggcgagaagagggaccatgcgcggtttgatcagaaggacgttgatcgggcggggttgagctacaggcggtcagcgtcacgccaaaagccaatgccagcgccagacgggaaactgaaaatgtgttcacaggttgctccgggctatgaaatagaaaaatgaatccgttgaagcctgcttttttatactaaCTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAAt < 1:673347‑M2/45‑1 (MQ=255) 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tgcttttttatactaaCTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTATCTACAGCGCGTGCACGGTAAAAATGTAGCGATGAGTTTCGCCTTTCCGCGGTGCCGGGCCATCGTTCCCGGTTTTTCCa > 2:71759‑M2/17‑290 (MQ=255) tttatactaaCTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTCTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTATATCCAGCGCGTGAACGGTAAAAATGTAGCGATGAGTTTCGCCTTTCGGCGGTGCTGCGCCATCGTACCCGGTTTTACCAAAGTCg > 1:879009‑M2/11‑290 (MQ=255) actaaCTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTATATCCAGCGCGTGAACGGTAAAAATGTAGCGATGAGTTTCGCCTTTCGGCGGTGCTGCGCCATCGTACCCGGTTTTACCAAAGTCGGTAcg < 1:410826‑M2/285‑1 (MQ=255) taaCTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGCTTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTATATCCCGCGCGTGCACGGTAAAACTGTAGCGATGGATTTCCCCTTTCGTCGGTTCTCCGCCATCGTAACCGGTTTTACCAAAGTCGTTGcgcg > 2:378093‑M2/4‑290 (MQ=255) aaCTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGATTGCCAGCGAGTGGAAATGAAGGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCCACTTCATCGACATAAATCCGTTCTAAAACCAGCGCGGGAACGGTAAAAAAGTAGCGATGAGTTTCGACTTTAGGCGGTTCAGGGCCATCGTCCAGGGTTTTAGACAAGCCGGTaagcgg > 2:228665‑M2/3‑289 (MQ=255) cTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTATATCCAGCGCGTGAACGGTAAAAATGTAGCGATGAGTTTCGCCTTTCGGCGGTGCTGCGCCATCGTACCCGGTTTTACCAAAGTCGGTACGCGTCt < 1:91478/290‑1 (MQ=255) | GTTATGCAGGTCGTAGTGGGTGGCACACAAAGCTTTGCACTGGATTGCGAGGCTTTGTGCTTCTCTGGAGTGCGACAGGTTTGATGACAAAAAATTAGCGCAAGAAGACAAAAATCACCTTGCGCTAATGCTCTGTTACAGGTCACTAATACCATCTAAGTAGTTGATTCATAGTGACTGCATATGTTGTGTTTTACAGTATTATGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGCATTGCGCCATCTGGCAGAGTGATTAACTAAACATCGCAGTAATCGAGGCGCTTGCCAGAGAGTGGAAATGAACGTTAAACCCGACCATCGCGCCGCTGGCACCTTCATCGACATCAATACGTTCTATATCCAGCGCGTGAACGGTAAAAATGTAGCGATGAGTTTCGCCTTTCGGCGGTGCTGCGCCATCGTACCCGGTTTTACCAAAGTCGGTACGCGTCT > NZ_LN832404/849426‑850004 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |