| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_LN832404 | = 2105880 | NA (NA) | 17 (0.180) +AAGGGCGCAGTAATAGACTGCGCCCAATCAGT |
17/494 | NT | 100% | intergenic (‑33/+2) | EK12AG100_RS10660/EK12AG100_RS10665 | IS5‑like element IS5 family transposase/glycosyltransferase |
| ? | NZ_LN832404 | 2242225 = | 0 (0.000) | intergenic (‑2/+1) | mglA/mglB | galactose/methyl galactoside ABC transporter ATP‑binding protein MglA/galactose/glucose ABC transporter substrate‑binding protein MglB | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GGTGTACCATCGAAATACCATTTTCCAGGGCTTCTTTTGCAGAATGGAAATCGATCTCTTTACCCTGGAATAAAATGGTGCCGGAGTCTTTTTGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACCATACTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGTCTTTATCTACGCCAACATAAGGTACGCGGACCACTTTGTTGTCGATTTTCCAGTTGGTGCCATCAGCCGCACCTTTACCATCGGCCAGGTTTTTCGCCAGATCAAAGGTCGCTTTCGCCTGGTTGTTAGCATCGTTCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATCGACGCCAAACACCGGAATGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCA > NZ_LN832404/2241941‑2242509 | tttaccctggaataaaatggtgcctgagtctttttgataaataccaaacaggcattttaataatgtcgattttcctgcaccgttttcccccattaatgcatggatagaatgtggccggacttttaaattaacgttatcaagtgccttaacaccaggaaaggacttgttgataccgctcatttccaacaagtattccccggaggacggagtcgttgagctgaccatataattttaccttgttggccatacaataagggcgcagtaatagactgcgcccaatcagtCTTAtt < 1:980608‑M2/6‑1 (MQ=255) ttaccctggaataaaatggtgcctgagtctttttgataaataccaaacaggcattttaataatgtcgattttcctgcaccgttttcccccattaatgcatggatagaatgtggccggacttttaaattaacgttatcaagtgccttaacaccaggaaaggacttgttgataccgctcatttccaacaagtattccccggaggacggagtcgttgagctgaccatataattttaccttgttggccatacaataagggcgcagtaatagactgcgcccaatcagtCTTAttt < 1:568065‑M2/7‑1 (MQ=255) gtaacctggaaaaaaatgtgtccggagtctttttgataaataccaaacaggcagtgtaataatgtcgattttcctgcaccgttttcccccattaatgcatggatagaatgtggccggacttttaaattaacgttatcaagtgccttaacaccaggaaaggacttgttgataccgctcatttccaacaagtattccccggaggacggagtcgttgagctgaccatataattttaccttgttggccatacaataagggcgcagtaatagactgcgcccaatcagtCTTAttt < 2:110855‑M2/7‑1 (MQ=255) taccctggaataaaatggtgccggagtctttttgataaataccaaacaggcattttaataatgtcgattttcctgcaccgttttcccccattaatgcatggatagaatgtggccggacttttaaattaacgttatcaagtgccttaacaccaggaaaggacttgttgataccgctcatttccaacaagtattccccggaggacggagtcgttgagctgaccatataattttaccttgttggccatacaataagggcgcagtaatagactgcgcccaatcagtCTTATTTc > 2:338315‑M2/283‑290 (MQ=255) 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cggagtctttttgataaataccaaacaggcaatttaataatgtcgattttcctgcaccgttttcccccagtaatgcatggatagaatgtggccggacgtttaaattaacgttatcaagtgccttaacaccaggaaaggacttgttgataccgctcatttccaacaagtattccccggaggacggagtcgttgagctgaccatataattttaccttgttggccatacaataagggcgcagtaatagactgcgcccaatcagtCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTg < 2:774080‑M2/29‑1 (MQ=255) ggagtctttttgataaataccaaacaggcattttaataatgtcgattttcctgcaccgttttcccccattaatgcatggatagaatgtggccggacttttaaattaacgttatcaagtgccttaacaccaggaaaggacttgttgataccgctcatttccaacaagtattccccggaggacggagtcgttgagctgaccatataattttaccttgttggccatacaataagggcgcagtaatagactgcgcccaatcagtCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGt > 1:165253‑M2/261‑290 (MQ=255) tgataaataccaatcaggcattttaataatgtcgattgtcctgcaccgttttcccccattaatgcatggatagaatgtggccggacttttaaattaacggtatcaagtgccttaacaccaggaaaggacttgttgataccgctcatttccaacaagtattccccggaggacggagtcgttgagctgaccatataattttaccttgttggccatacaataagggcgcagtaatagactgcgcccaatcagtCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGTCTTTATCTAc < 2:372761‑M2/40‑1 (MQ=255) 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cgcccaatcagtCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGTCTTTATCTACGCCAACATAAGGTACGCGGACCACTTTGTTGTCGATTTTCCAGTTGGTGCCATCAGCCGCACCTTTACCATCGGCCAGGTTTTTCGCCAGATCAAAGGTCGCTTTCGCCTGGTTGTTAGCATCGTTCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGAGCATCGACGCCAAACACCGGAATGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAAcc > 1:603346‑M2/13‑290 (MQ=255) cccaatcagtCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGTCTTTATCTACGCCAACATAAGGTACGCGGACCACTTTGTTGTCGATTTTCCAGTTGGTGCCATCAGCCGCACCTTTACCATCGGCCAGGTTTTTCGCCAGATCAAAGGTCGCTTTCGCCTGGTTGTTAGCATCGTTCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATCGACGCCAAACACCGGAATGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACcgc > 1:70922‑M2/11‑290 (MQ=255) tcagtCTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGTCTTTATCTACGCCAACATAAGGTACGCGGACCACTTTGTTGTCGATTTTCCAGTTGGTGCCATCAGCCGCACCTTTACCATCGGCCAGGTTTTTCGCCAGATCAAAGGTCGCTTTCGCCTGGTTGTTAGCATCGTTCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATCGACGCCAAACACCGGAATGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCa > 1:1058097‑M2/6‑290 (MQ=255) | GGTGTACCATCGAAATACCATTTTCCAGGGCTTCTTTTGCAGAATGGAAATCGATCTCTTTACCCTGGAATAAAATGGTGCCGGAGTCTTTTTGATAAATACCAAACAGGCATTTTAATAATGTCGATTTTCCTGCACCGTTTTCCCCCATTAATGCATGGATAGAATGTGGCCGGACTTTTAAATTAACGTTATCAAGTGCCTTAACACCAGGAAAGGACTTGTTGATACCGCTCATTTCCAACAAGTATTCCCCGGAGGACGGAGTCGTTGAGCTGACCATACTTATTTCTTGCTGAATTCAGCCAGGTTGTCTTTATCTACGCCAACATAAGGTACGCGGACCACTTTGTTGTCGATTTTCCAGTTGGTGCCATCAGCCGCACCTTTACCATCGGCCAGGTTTTTCGCCAGATCAAAGGTCGCTTTCGCCTGGTTGTTAGCATCGTTCAGTACGGTGCCCGCCAGTGCACCGGATTTCACCAGCGCCAGCGCTTCTGGCAGCGCATCGACGCCAAACACCGGAATGCTGGACTTGTTGTGTGCTTTCAGCGCTTCAACCGCGCCCA > NZ_LN832404/2241941‑2242509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |