| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 15,571 | T→C | 100% | L43L (TTG→CTG) | EK12AG100_RS00080 → | IS4‑like element IS421 family transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 15,571 | 0 | T | C | 100.0% | 82.0 / NA | 29 | L43L (TTG→CTG) | EK12AG100_RS00080 | IS4‑like element IS421 family transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (8/21); total (8/21) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTTTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCATGACGTTGCAACATTATCTGACGT > NZ_LN832404/15285‑15668 | acCTGACCCGCAAACCCCCCGAAAAGCCGGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGc < 2:379005/290‑1 (MQ=255) ccTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGGGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCt < 1:35244/290‑1 (MQ=255) cGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGAGATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGGTAAATGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTg > 1:290418/1‑290 (MQ=255) tAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTgggg > 1:991721/1‑290 (MQ=255) 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ggCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATACCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGt < 1:291787/290‑1 (MQ=255) ccTGGGTAAAAAAAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTAc < 1:1032773/290‑1 (MQ=255) aaTAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAAAGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGCTACTTCGGCACGTAAAGCCAGGGGTCTAACACGCCGCCGCCAAATTCGTGAAGCTGAAAACCTGCTAAGTTTGGGGCTGGCTTACGGACCCGGGGTGATACCATTACGGGAAgcaca > 2:937254/1‑286 (MQ=14) 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atatGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTcc < 1:51563/290‑1 (MQ=255) atGCGTGCACCTGTAAATGGGCGGGGTTCACTCCCATAAGCTCTAACTTAAGGGTTGTTGTATTACGCCGGATCTGATTTAACGTGCCGATGAATTACGCTCACGATAACTGGTCAGCAAGTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCAt < 2:720846/290‑1 (MQ=11) ccGAGAACCTGTAAAGTGGGTGGGATCACTACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACTCCGGATATGATTGAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCATGa < 2:1045675/289‑1 (MQ=255) 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aaaGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCATGACGTTGCAACAtt < 1:167040/290‑1 (MQ=21) aaGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCATGACGTTGCAACATTa > 1:359990/1‑290 (MQ=18) cGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCATGACGTTGCAACATTATCTGAc < 1:942918/290‑1 (MQ=17) cGGGGATCACTCCCATAAGCGCGAACTTAAGGGGTGTGGTATTACTCCTGATATGATGTAACTTGCCGATGAATGACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCATGACGTTGCAACATTATCTGAc < 1:949915/290‑1 (MQ=12) ggggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCATGACGTTGCAACATTATCTGACg > 1:823916/1‑290 (MQ=17) gggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCATGACGTTGCAACATTATCTGACGt < 2:991721/290‑1 (MQ=14) gggATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGGATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTAAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTCTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCATGACGTTGCAACATTATCTGACGt < 1:632097/290‑1 (MQ=14) | ACCTGACCCGCTAACCTCCCCAAAAGCCTGCCCGTGGGCAGGCCTGGGTAAAAATAGGGTGCGTTGAAGATATGCGAGCACCTGTAAAGTGGCGGGGATCACTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTGATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGGGGCTCTAACCCGCCGCCGCGAAATTCGTGATGCTGCAACTTTGCTACGTCTGGGGCTGGCTTACGGCCCCGGGGGGATGTCATTACGTGAAGTCACTGCATGGGCTCAGCTCCATGACGTTGCAACATTATCTGACGT > NZ_LN832404/15285‑15668 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |