| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,123,847 | G→A | 100% | intergenic (+494/‑49) | putP → / → EK12AG100_RS05615 | sodium/proline symporter PutP/FTR1 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,123,847 | 0 | G | A | 100.0% | 446.6 / ‑6.7 | 123 | intergenic (+494/‑49) | putP/EK12AG100_RS05615 | sodium/proline symporter PutP/FTR1 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (72/49); minor base C (2/0); total (74/49) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTGCTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGT‑GGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGT > NZ_LN832404/1123560‑1124133 | agagttggtatacgctGATGTACGAAATTTCTTGTTTCACCCGGTTGTGAGTTTTGCATGGAAGCTGTGAGGCATTGGGTATGGACAGGTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTGTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACt < 2:906643/278‑1 (MQ=255)aGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTTCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCTATTTCCt > 1:407359/1‑290 (MQ=255) aTTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACttt < 1:993107/290‑1 (MQ=255) ttGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTATCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACCTTACTCTTGTTTTTTTCTTTGCCGTCCATATCATCGCTATCAATGAGCTTTACTTTTc > 2:162111/1‑290 (MQ=255) aTCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCa > 1:539878/1‑290 (MQ=255) cgcgGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATATTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCATTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCTTTTATTAACCCTTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTATTGATAATCGCTCTCCTTGCGATTTACTTTTTTTTGCTTa > 2:1022757/1‑290 (MQ=255) ggATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGAt > 1:262949/1‑290 (MQ=255) aTGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGTCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATAACATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTg > 1:818660/1‑290 (MQ=255) aTGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTg > 1:83417/1‑290 (MQ=255) ggACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATatttttcc > 2:416266/1‑283 (MQ=255) taTTGCTTGGTACTCCCGTTTATCAGTTTTACATGGAAGCTTGGAGGCTTTGCGTCTGTACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCTGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGaa < 2:859746/289‑1 (MQ=255) cacCCGCTTTGCAGTTTTACATGGAAGCTCGGTTGCATTGATTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAATAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAgg < 2:95577/290‑1 (MQ=255) cGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAgggt‑gg > 1:1018721/1‑290 (MQ=255) cTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCTCTATCCCTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAgggt‑gggt > 2:162742/1‑290 (MQ=255) aGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGCTTTACTTTTCTTTTCATAGTTTGACTCAGAAAAACGTTTAAGTGT‑GGGTGGCAtg > 1:27299/1‑290 (MQ=255) aGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGCAAAACGTTTAAGGGT‑GGGTGGCAtg > 1:792751/1‑290 (MQ=255) ttttACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGT‑GGGTGGCAtgtt < 1:791076/290‑1 (MQ=255) tttACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAACCGTTTAAGGGT‑GGGTGGCAtgttt > 1:695678/1‑290 (MQ=255) ggAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTAAATTCAAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTTCCGTAATGATAATCGTTATCACTGCGATTTGCTTTTCTTTCCATTGATTTACTACGAAACACGTTTACGTGTGGGGTGGC‑TGTTTGTTTCGt > 2:477070/1‑290 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |