| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,238,772 | T→C | 76.2% | T370T (ACT→ACC) | EK12AG100_RS06230 → | NADP‑dependent isocitrate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,238,772 | 0 | T | C | 76.2% | 34.9 / 7.9 | 21 | T370T (ACT→ACC) | EK12AG100_RS06230 | NADP‑dependent isocitrate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base C (5/11); total (7/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
AGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATCTCTCCGCTGAGA > NZ_LN832404/1238483‑1238830 | atatgttCATTAAAGACGTGATGTCGGAGGTATTCCGGCAACAGTTCCTGCTGCGTCCGGCTGAAGATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGTCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTTTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACt < 2:662017/284‑1 (MQ=255) aTCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTTTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGGTGGACCGa > 1:619480/1‑290 (MQ=255) tcttcgttAAGGCCGTGATTGGTGTTGAATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCTGCTGAATATGATGTTATCGCCTGGATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGaa < 2:558144/284‑1 (MQ=255) cttCATTAAATACGTGATTGCTTATGCATTCCTGCCACAGATCCGGCGGCGTCCTGCTGACTATGATGTTCTCTCCTGTATGAGCCTGAACGGTGACTGCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCTGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGTACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATGCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAg < 2:89379/288‑1 (MQ=255) taaaaGACGTGATGGCTGATGCATTCCTGCAACAGGTCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCt < 1:549720/288‑1 (MQ=255) 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ggCTGAAGAGGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGACGTGTCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGACAGGGGTGGGTTTGGGGTCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGCGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGCAGCGGCTGACTTAATTGTGAACGGGATGTACGGCGcaatcaacgcgaaaaccgtaa > 2:248209/1‑276 (MQ=255) | AGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATCTCTCCGCTGAGA > NZ_LN832404/1238483‑1238830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |