| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 502,728 | C→T | 52.9% | intergenic (‑191/+47) | EK12AG100_RS02465 ← / ← EK12AG100_RS02470 | Kef family K(+) transporter/fosmidomycin MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 502,728 | 0 | C | T | 52.9% | 30.3 / 199.3 | 140 | intergenic (‑191/+47) | EK12AG100_RS02465/EK12AG100_RS02470 | Kef family K(+) transporter/fosmidomycin MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/35); new base T (36/38); total (67/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
AATACGTAGTTTATTGGCCAGCATGCCGAGGATAAAGGCGAGCACAAGGCCGCCAACAATGGTGGTGATAAGCGGGGTGGCGTGAT‑GCATTCCGTCTCCTTTTCCTGGTGGTTATTGTCCATTTTTGGCCGGGAAAACCAAAATTACAGGTAATAGTTTATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTC‑CCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAGCGAGGAT > NZ_LN832404/502448‑503014 | cGTAGTTTATTGGCCAGCATGCCGAGGATAAAGGCGAGCACAAGGCCGCCAACAATGGTGGTGATAAGCGGGGTGGCGTGAT‑GCATTCCGTCTCCTTTTCCTGGTGGTTATTGTCCATTTTTGGCCGGGAAAACCAAAATTACAGGTAATAGTTTATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAAAAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGTTGAAAAAAAAGCACGGATCGGCAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGgagagagaaacaaga > 2:595746/1‑279 (MQ=255) 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gCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTC‑CCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAAt < 1:1035516/290‑1 (MQ=255) agGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTC‑CCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGc < 1:58619/290‑1 (MQ=255) ggCTTATGGGGACTGTAAAACGATGCGGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTC‑CCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAGc < 2:144925/290‑1 (MQ=255) | AATACGTAGTTTATTGGCCAGCATGCCGAGGATAAAGGCGAGCACAAGGCCGCCAACAATGGTGGTGATAAGCGGGGTGGCGTGAT‑GCATTCCGTCTCCTTTTCCTGGTGGTTATTGTCCATTTTTGGCCGGGAAAACCAAAATTACAGGTAATAGTTTATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTC‑CCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAGCGAGGAT > NZ_LN832404/502448‑503014 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |