| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,637,578 | G→T | 44.3% | G101G (GGG→GGT) | EK12AG100_RS08155 → | recombinase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,637,578 | 0 | G | T | 44.3% | 110.0 / inf | 228 | G101G (GGG→GGT) | EK12AG100_RS08155 | recombinase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/61); new base T (37/64); total (103/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.32e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTG‑GTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGCATTGGGGGGCATTGACCTGACCAGTCCAACAGGAAAAATGATGATGCAAGTAATTTCAGCAGTCGCTGAATTTGAACGAGACCTTTTACTTGAACGCACTCATTCCGGGATAGTAAGAGCCCGCGGCGCAGGGAAACGTTTTGGTCGACCACCTGTGTTAAATGAAGAACAGAAACAGGCGGTATTCGAACGAATTAAGTCAGGTGTAAGTATAAGTGCCATTGCCCGGGAATTCAAAACCTCGCGGCAAACCATTTTAAGAGCCAAAGCAAAACTTCAGACACCTGACATAT > NZ_LN832404/1637293‑1637864 | tACTGTCTGTGATCAAAACGGGCTCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTG‑GTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGCATTGGGTGGCAt < 2:1042750/290‑1 (MQ=255) 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aTTGGGTGGCATTGACCTGACCAGTCCAACAGGAAAAATGATGATGCAAGTAATTTCAGCAGTCGCTGAATTTGAACGAGACCTTTTACTTGAACGCACTCATTCCGGGATAGTAAGAGCCCGCGGCGCAGGGAAACGTTTTGGTCGACCTCCTGTGTTAAATGAAGAACAGAAACAGGTGGTATTCGACCGAATTAAGTCAGGTGTAAGTATAAGTGCCATTGCCCGGGCATTCAAAACCTCGCGGCAAACCATTTTAAGAGCCAAAGCAAACCATAAGACACCGGACa > 2:413541/1‑290 (MQ=255) gggtggCATTGACCTGACCAGTCCAACAGGAAAAATGATGATGCAAGTAATTTCAGCAGTCGCTGAATTTGAACGAGACCTTTTACTTGAACGCACTCATTCCGGGATAGTAAGAACCCGCGGCGCAGGGAAACGTTTTGGTCGACCTCCTGTGTTAAATGAAGAACAGAAACAGGTGGTATTCGAACGAATTAAGTCAGGTGTCAGTATAAGTGCCATTGCCCGGGAATTCAAAACCTCGCGGCAAACCATTTTAAGAGCCAAAGCAAAAATTCAACCACCTGACatac > 2:875841/1‑289 (MQ=255) ggggggCATTGACCTGACCAGTCCAACAGGAAAAATGATGATGCAAGTAATTTCAGCAGTCGCTGAATTTGAACGAGACCTTTTACTTGAACGCACTCATTCCGGGATAGTAAGAGCCCGCGGCGCAGGGAAACGTTTTGGTCGACCACCTGTGTTAAATGAAGAACAGAAACAGGCGGTATTCGAACGAATTAAGTCAGGTGTAAGTATAAGTGCCATTGCCCGGGAATTCAAAACCTCGCGGCAAACCATTTTAAGAGCCAAAGCAAAACTTCAGACACCTGACatat > 1:185477/1‑290 (MQ=255) | TTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTG‑GTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGCATTGGGGGGCATTGACCTGACCAGTCCAACAGGAAAAATGATGATGCAAGTAATTTCAGCAGTCGCTGAATTTGAACGAGACCTTTTACTTGAACGCACTCATTCCGGGATAGTAAGAGCCCGCGGCGCAGGGAAACGTTTTGGTCGACCACCTGTGTTAAATGAAGAACAGAAACAGGCGGTATTCGAACGAATTAAGTCAGGTGTAAGTATAAGTGCCATTGCCCGGGAATTCAAAACCTCGCGGCAAACCATTTTAAGAGCCAAAGCAAAACTTCAGACACCTGACATAT > NZ_LN832404/1637293‑1637864 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |