| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_LN832404 | 2,484,484 | 0 | G | A | 82.4% | 316.9 / 53.4 | 125 | S190L (TCA→TTA) | emrY | multidrug efflux MFS transporter permease subunit EmrY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/12); new base A (53/50); total (63/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CGCATGTGATACTCACAATACCAATGGTGAAGTTACGGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAG‑CCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCA‑GTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCATAATGTCAGG‑ACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCA‑GAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACA‑TTAATGAAGACA > NZ_LN832404/2484203‑2484769 | cgcATGTGTTACTCACAATACCAATGGTGAAGTTACGGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAG‑CCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCA‑GTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTAAGCATAAt < 1:701772/290‑1 (MQ=255) 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gtaagGTTAAGCATAATGTCAGG‑ACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCA‑GAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAAATAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAAAGACCCTAAAAAATAAACGCCCAACAAGATTGGTCGATAAGCCA‑ACACTTAATGaa > 2:413803/1‑290 (MQ=255) gtaagGTTAAGCATAATGTCAGG‑ACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATAACCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAAGATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCA‑GAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACA‑TTAATGaa < 1:733635/290‑1 (MQ=255) ggTTAAGCATAATGTCAGG‑ACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCA‑GAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTCACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCCAGATTGGTCGATAGGCTACCCA‑TTAATGAAGaaa > 1:672735/1‑288 (MQ=255) | CGCATGTGATACTCACAATACCAATGGTGAAGTTACGGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAG‑CCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCA‑GTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCATAATGTCAGG‑ACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCA‑GAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACA‑TTAATGAAGACA > NZ_LN832404/2484203‑2484769 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |