| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 2,923,076 | A→C | 82.4% | G155G (GGA→GGC) | ppnN → | nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 2,923,076 | 0 | A | C | 82.4% | 244.5 / 36.6 | 90 | G155G (GGA→GGC) | ppnN | nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/10); new base C (26/48); total (32/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATT‑GGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATGCCAGATATCGAAAAACGTCTGGAAGCGTTTGTCCGTATCGCTCAC > NZ_LN832404/2922794‑2923361 | cgttatgaccGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGCTTAATCCCCCGTAATGGGCTTTTGTCGATTGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGCGGTCACt < 2:482659/281‑1 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ccAAATATGGTGGTCTGCTGGGGCGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCAACGGCTGTGGTCCGGGAGAGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTAGGACACGAGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATT‑GGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGACGCTGAAACGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTACACAACATGACAGATATCGAAAACCATCAGGAAGc > 1:455956/1‑290 (MQ=255) ctgGGGAGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATT‑GGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATGCCAGATATCGAAAAACGTCTGGAAGCGTTTGTCCGTATCGCTc > 2:531831/1‑290 (MQ=255) ggggCGGTGACGCAGTTAGCGGAAATGAGGATTTGTATGCCTGTCGCGTCGGTGTCCAGCTGGGCCTTCGTGAGCTGAATAGCGGGTCCGGCTGTGGTCCGGGATCGATGTAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATT‑GGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATGCCAGATATCGAAAAACGTCTGGAAGCGTTTGTCCGTATCGCTCAc < 2:944924/290‑1 (MQ=255) | CGATATTAACGTCTTGCGCCGTGAACGCGGCGTAAAGCTGGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCACTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAATTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATT‑GGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATGCCAGATATCGAAAAACGTCTGGAAGCGTTTGTCCGTATCGCTCAC > NZ_LN832404/2922794‑2923361 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |