| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 3,292,993 | A→G | 84.6% | M25V (ATG→GTG) | yraP → | divisome‑associated lipoprotein YraP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,292,993 | 0 | A | G | 84.6% | 248.2 / 33.4 | 97 | M25V (ATG→GTG) | yraP | divisome‑associated lipoprotein YraP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/6); new base G (44/38); total (53/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCCGTTACGCGTGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTG‑CTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACGAAGTGTATAACGAGATTCGTCAGGGCCAGCCGATTGGTCTGGG > NZ_LN832404/3292714‑3293279 | gccgTTACGCGTGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGGGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGGACCgc > 1:30202/1‑290 (MQ=255) gTTACGCGTGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCCCCAATCGCAGTCCCTATTTCCGCGCTGCTGTTGCACGGTTGTGTTACCGCCTCCGTAGTGGGTcccccggc > 2:534170/1‑285 (MQ=255) tACGCGTGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGACTACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCCCTGCTGTTGCACGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGctg‑ctg > 2:803293/1‑290 (MQ=255) tGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCCCCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGTCGCTGTGTCAAGGTACTGTTGTCGCTCGCGTTGTAGGTTCCACTG‑CCTTGGGTa > 2:285307/1‑290 (MQ=255) agtggcgcATTGTGGCAGTGACCGGTGAGGAGGGAGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTACCGCTG‑CTGTGGGTAcc < 2:361999/283‑1 (MQ=255) ttGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTACCGCTG‑CTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGAccc > 1:58106/1‑290 (MQ=255) ggccGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCAACAGGAGGTGGAGATCCGCAGTCTGTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTACCGCTG‑CTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCAc < 2:725567/288‑1 (MQ=255) 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cTGCCGTAGTGGGTACCGCTG‑CTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACGAAGTGTATAACGAGATTCGGCAGGGCAAGCCGATTggg > 1:223548/1‑289 (MQ=255) cGTAGTGGGTACCGCTG‑CTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGCACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAAAGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACGAAGTGTATAACGAGATTCGTCAGGGCCAGCCGAATGGTCTgg > 1:84692/1‑290 (MQ=255) gTAGTGGGTACCGCTG‑CTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACGAAGTGTATAACGAGATTCGTCAGGGCCAGCCGATTGGTCTggg > 1:885652/1‑290 (MQ=255) | GCCGTTACGCGTGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTG‑CTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACGAAGTGTATAACGAGATTCGTCAGGGCCAGCCGATTGGTCTGGG > NZ_LN832404/3292714‑3293279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |