| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 3,408,201 | T→G | 73.2% | pseudogene (37/885 nt) | yhdJ → | adenine‑specific DNA‑methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,408,201 | 0 | T | G | 73.2% | 231.4 / 78.1 | 114 | pseudogene (37/885 nt) | yhdJ | adenine‑specific DNA‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/21); new base G (43/40); total (53/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.07e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
AATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATG‑ATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGC‑CTTTTTTATAGGTGTCACAAAGG‑GAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGC‑GTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATCGATCTCCAGTGCCGCAAGCTTTTTACCATCAAAAGTCGC > NZ_LN832404/3407924‑3408485 | aaTGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATG‑ATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGC‑CTTTTTTATAGGTGTCACAAAGG‑GAGTGACCATGAGAACGGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCa < 1:1042046/290‑1 (MQ=255) 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ggTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGC‑GTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATCGATCTCCAGTGCCGCAAGCTTTTTACCATCaaa < 1:5927/290‑1 (MQ=255) tGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGC‑GTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTCCGGAAAACATGCACTTTATCGATCTCCCGTGCCGCAAGCTTTTTACCATCAAAAGTc > 1:572555/1‑290 (MQ=255) gTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGC‑GTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATCGATCTCCAGTGCCGCAAGCTTTTTACCATCAAAAGTCGc > 1:571570/1‑290 (MQ=255) | AATGACCTCTATGAGCTGGTACTGGCTGAAGTAGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATG‑ATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGC‑CTTTTTTATAGGTGTCACAAAGG‑GAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATTAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGATCCCCGCCGAAAGTGTCGATCTGATCTTTGCCGACCCACCATATAACATCGGTAAAAATTTTGATGGTCTGATCGAAGCCTGGAAAGAAGATCTGTTTATCGACTGGCTGTTTGAAGTGATTGCAGAGTGCCACCGC‑GTTCTGAAAAAGCAGGGCAGCATGTACATCATGAACAGTACGGAAAACATGCCCTTTATCGATCTCCAGTGCCGCAAGCTTTTTACCATCAAAAGTCGC > NZ_LN832404/3407924‑3408485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |