| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 3,419,924 | T→C | 6.8% | intergenic (+7/+13) | EK12AG100_RS25785 → / ← rrf | paraslipin/5S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,419,924 | 0 | T | C | 6.8% | 228.9 / 3.6 | 73 | intergenic (+7/+13) | EK12AG100_RS25785/rrf | paraslipin/5S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/38); new base C (3/2); total (33/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
GCACCTGATGAATTTTTTGCGCATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAA‑CAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTATTTGATGTCTGGCAGTTCCCTACTCTCG‑CATGGGGAGACCCCACACTACCATCGGCGCTACGGCGTTTCACTTCTGAGTTCGGCATGGGGTCAGGTGGGACCACCGCGCTACTGCCGCCAGACAAATTCTTTTCTAATCTGCCGAACTTTAACCTAAAAAGTGGTGCTGATACCCAGAGTCGAACTGGGGACCTCACCCTTACCAAGGGTGCGCTCTACCAACTGAGCCATATCAGCACGCTAAATTTGATGCCTGGCAGTTCCCTACTCTCGCATGGGGA > NZ_LN832404/3419635‑3420211 | gCACCTGATGAATTTTTTGCGCATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAA‑CAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGACtttt > 1:822344/1‑290 (MQ=255)gCACCTGATGAATTTTTTGCGCATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCAACCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTACCGGCGGATTTGTCATACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGCTAAAA‑CAAAAGGCCAAGTCTTCCGAACGACCCtttt > 1:668938/1‑290 (MQ=255) caactgtttaccttgtggagcgacatccagaggcacttcaccgcttgccagcggcttaccatccagcgccaccatccagtgcaggagctccgatgataagctgtcaaacatgagaattccgatccccaattcCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAA‑CGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGttt > 1:947455‑M2/133‑290 (MQ=255) tgatgaATTTTTTGCGCATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCCGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAA‑CAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGtttt < 1:176918/290‑1 (MQ=255) aactgtttaccttgtggagcgacatccagaggcacttcaccgcttgccagcggcttaccatccagcgccaccatccagtgcaggagctccgatgataagctgtcaaacatgagaattccgatccccaattcCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGCTTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAA‑CGAAAGGCACAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGtttt > 1:633647‑M2/132‑290 (MQ=255) actgtttccctggtgtggcgccttccagaggatcttcaccgcttgccagcggcttaccgtccagtgccaccatccagtgcagggtctccgatgataagctgtcaaacatgagaattccgatccccaattcCTGGCATGTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCACCGACAAACAACAGATAAAA‑CGAAAGGCCCAGTCTTTCGACTGAGCCTTTCGTTTTa < 2:142571‑M2/160‑1 (MQ=255) gtatttgtttGCGCATCCTAAATCAGAGCGTACGAGGGCATTTTTATCGCAGGTAATCCATTAATTGAATGTTAGTTCGAAAAGCAAAAAGGCCATCCTTTCGGATGGCCTTTCGCTTGATTTGATGTCTGGCAGTTTATGGCGGGCGTCCTGCCCGCCACCCTCCGGGCCGTTGCTTCGCAACGTTCAAATCCGCTCCCGGCGGATTTGTCCTACTCGGGAGAGTGTTCACCGACAAACAACAGATAAAA‑CAAAAGGCCCAGTCTTCCGACTGAGCCTTTTGTTTTAtt < 1:30587/283‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |