| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 3,507,978 | T→C | 82.5% | V293V (GTA→GTG) | EK12AG100_RS17545 ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,507,978 | 0 | T | C | 82.5% | 187.1 / 25.8 | 78 | V293V (GTA→GTG) | EK12AG100_RS17545 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/4); new base C (34/30); total (44/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
CGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAATCCCAGCATGGTCAGTTCGTTTTCCGCCACCAC‑GTTCCAGATCACCGCATCGACATCGCCTTTAACAATGCGTTGTAAACTCTCGTGATAAGAGAGATCGACTCGTTCCACATCACTACCGCCAAAAAAAACATCGGT > NZ_LN832404/3507691‑3508265 | cGGCTTGCCAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTtac < 1:1019929/290‑1 (MQ=255) ccggTGGCTGGAGTGCGCAAGTTCTGCCTGAAATTCGTTATCCGGCGGCTTCAGTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTTTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCgt < 2:978282/287‑1 (MQ=255) cAGTGGCTGGATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCgtt < 1:475641/290‑1 (MQ=255) ggATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCCTCGTTGTTgg > 1:663554/1‑290 (MQ=255) gATTGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATCTCATATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTTTTCCCCACTCCCTCACCGTTGTTTATggt > 2:578008/1‑289 (MQ=255) tGCGCCAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGa < 1:768669/290‑1 (MQ=255) ccAGTTCTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCACATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCCCTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAg < 1:477166/290‑1 (MQ=255) cTGCCAGCAACTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCgtg > 1:525238/1‑290 (MQ=255) caCTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACGGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTa < 1:149864/289‑1 (MQ=255) tgtccctctgCTCCATTTCTCTCCCTCGGCTATTGCTCATCATGGCACGCGCCTTATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCCCTCGCTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTGGCAGATGTCCTTATCAATACCGCCGGCCTCGCAAATCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCGTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGc < 2:812496/281‑1 (MQ=255) tCCAGCGGCTCTAGTTCGTAACCACGGCGACTGCGCTGCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCGTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGAGGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCAc < 1:555057/290‑1 (MQ=255) ggCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATACCGCCTGCCTCGCCACGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTCCCCGTTGTTTACGGGCGAGCCGGGCGTGTTTACCTTCACCGGAACgccgca > 2:1021302/1‑290 (MQ=255) tctTTTTCTTCACCACGGCGACTGCTCAGCAGTGCACTCGCCATATGGGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAgtt < 2:597239/290‑1 (MQ=255) tctATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAgtt < 1:94316/290‑1 (MQ=255) aTTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACCACGGCACGCAGCAgttgtt > 1:59590/1‑290 (MQ=255) aTTTCTTCACCACGGCGACTGCGCAGCAGTGCACTCGCCATATGTGTCAGCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGTAgttgtt < 1:617832/290‑1 (MQ=255) cccccGGCGACTGCGCATCAGGGCCCTCGCAATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTggg < 2:491410/286‑1 (MQ=255) accacGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCCGGGCGTGTTTATCTACCACGGCCCGCAGCCTTTGTTGCCTTggg > 2:32690/1‑290 (MQ=255) cGGCTACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAat < 1:495678/290‑1 (MQ=255) ggCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAatc > 1:1031751/1‑290 (MQ=255) aCTGCGCAGCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCg < 1:108667/290‑1 (MQ=255) aTCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCCCTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACACCGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTcgcg > 1:855590/1‑290 (MQ=255) 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tCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTg > 1:522873/1‑290 (MQ=255) cGCCATCGTTCCTGGCTCCCTGCGCACCGGAAGATGGCACTTGGTTTCCAGGACGTTGACGACCTGCATCATGCGTTTGCAGAGGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGt < 2:1045328/290‑1 (MQ=255) gCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTCATAACTCGTTTCCTGTTCCAACCTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCTGGTCGTGTTTATCTACAACGGCACCCACCCGTTGTTGCATTGGGCAATCCACGACCCGCTTCCGGACCACTGCGTCGGTGGccacta > 2:536759/1‑286 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |