| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 4,150,309 | A→G | 77.3% | pseudogene (1012/1152 nt) | argE ← | acetylornithine deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,150,309 | 0 | A | G | 77.3% | 141.9 / 43.8 | 75 | pseudogene (1012/1152 nt) | argE | acetylornithine deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/9); new base G (25/33); total (33/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
GAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTAAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCACTTCA‑ACCAGTTGATGATTCGGTGGGCATTCATAGCCAGGGATCGGCGGATGCAGCTCGTCGACCGTCAGACGACCCGGCCAGCGTTCGCTCACCGGAGCCAATGCATCGTTGAGCAAACCATTAAGTT‑CATTGAGTGTCATGCCAGGCAGCGGACGAATATCCATATGCAACTCACAGCAAGCGCAAATACGGTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATG > NZ_LN832404/4150023‑4150594 | gAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGCTATTACACAGGTTTATGAGCCTGATTACTTGAGCCAGGCCCCAACCCCAGCGTCGGGCCTAACGTTtaaat > 2:296864/1‑290 (MQ=255) aGCGCTTTATCCGGCCTACGGTTGGGAATCGTTTGAGTAACTGTAGGTCGGATAAGAGGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGCCATAACGTTtaaata < 1:52082/290‑1 (MQ=255) gcgcCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGTTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTtaaataa < 1:286614/290‑1 (MQ=255) cgcCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCCTCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCTGGCATACAGTTtgaataaa > 2:385761/1‑290 (MQ=255) tCCGGCTTACGTTATGGACTCGTGTGTGGCACGGTAGGTCGGAAAAGATGGGCAAGAATGTTATCCGACATTATTGCGGCACTGGGGTTTGGAAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCt < 2:902114/290‑1 (MQ=38) ccGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGATTGATAAACCGTGTTTCCAAATATTCATCCGGTTGATGACCCTTATCAATTTCACCAGGCCCCAACACCAACCTCGGGCATAACTTTtgaacacactgcagct > 2:568426/1‑278 (MQ=25) gCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGCATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTGGATGAGCCTGATTAATTGAGGCAAGCCACAACACCACCGCCGGGCAGCACGGTTGAATGAACGgagcgccgg > 2:121428/1‑285 (MQ=25) 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ggCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTc > 1:463106/1‑290 (MQ=255) aTCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTcacc < 1:800344/290‑1 (MQ=255) gTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACAGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCCACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTAAATAAACGGCACTACGGTACAGTAGTGCACCACt > 2:664688/1‑290 (MQ=255) 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atcCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCACTTCA‑ACCAg > 1:996775/1‑290 (MQ=255) ccGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCACTTCA‑ACCAGtt > 1:527722/1‑290 (MQ=255) cGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGA‑GCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCACCACCCGCGTCTGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCCCCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCACTTAC‑ACCAATtg > 2:900853/1‑290 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |