| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 4,443,520 | T→A | 80.0% | S979T (TCC→ACC) | tamB → | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,443,520 | 0 | T | A | 80.0% | 205.3 / 45.9 | 85 | S979T (TCC→ACC) | tamB | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/6); new base A (37/31); total (48/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
GCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTTCCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAAACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGATCAACATCCCTGAAGGGC > NZ_LN832404/4443237‑4443805 | gCTTCAGGTTACGTGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGTGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTTCCCTCg < 1:834207/290‑1 (MQ=255) ggTGTGGGTATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGAGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAAGCTACACCAAACATGTTTACCCTCGATGGTAGCGTGGa > 1:594646/1‑290 (MQ=255) ggTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTggc > 1:524325/1‑289 (MQ=255) gATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAACGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGCGGCTACACCACACCTGTTTTCCCTCGATGGTCGCGTGGCTGTTCTTTAGgc > 2:792784/1‑290 (MQ=255) tGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTCACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTAGCGTGGATGTCCCTTGGgcgc > 1:600559/1‑290 (MQ=255) cAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCa > 1:801279/1‑290 (MQ=255) aaCTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGTCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTTCCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCAt > 1:1027195/1‑290 (MQ=255) aCTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTGTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATc < 1:395748/290‑1 (MQ=255) cTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCAAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCACGCTGGTAGAGTGGATGTTCCTTGGGCGCGCCTCg > 1:842159/1‑290 (MQ=255) tttATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCgt > 1:587478/1‑290 (MQ=255) tcGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGGCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCa < 1:187978/289‑1 (MQ=255) cGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCAc > 1:81336/1‑290 (MQ=255) cGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCAc < 1:107664/290‑1 (MQ=255) 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gCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCgg > 1:736868/1‑290 (MQ=255) aaCCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTTCCCTCGATGGTCGCGGGGATGTCCCTTGGGCGAGCATCGGGGTGCACGATCTGCCggcg > 1:788401/1‑288 (MQ=255) cTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGACAGGCAGTAAAGTGCGGATCCCCGTGCCGCCGATGGTACGCATGGATGTATCGCCAGCGGGTGTCTTCGAGGCTACAACCAACCTGTGTACCCTCCATGGTCGCGGTGATGTCCCTTAGGCGCGCACCGAGGTTCCCGCTACCCCGGCAAGCGAAGtgcg > 2:1041845/1‑287 (MQ=255) 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gTTTTCCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAAACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGAAGATCAACATACCTGAAGGgc > 1:30961/1‑290 (MQ=255) | GCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTTCCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAAACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGATCAACATCCCTGAAGGGC > NZ_LN832404/4443237‑4443805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |