| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 691,882 | A→G | 77.1% | L5L (CTT→CTC) | miaB ← | tRNA (N6‑isopentenyl adenosine(37)‑C2)‑methylthiotransferase MiaB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 691,882 | 0 | A | G | 77.1% | 252.7 / 75.9 | 126 | L5L (CTT→CTC) | miaB | tRNA (N6‑isopentenyl adenosine(37)‑C2)‑methylthiotransferase MiaB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/12); new base G (42/54); total (60/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
ATCGACATAGTGGGCGCGCTGGCGAATGTGCTCGCCTTCTTGCGATGCCACGCAGCCACCGACGCCGATAATCAGGTCTGGATTCTTCTCTTTTAACAGTTTCCAGCGACCCAACTGATGGAAGACTTTTTCCTGAGCCTTCTCGCGGATTGAGCA‑GGTGTTCAGCAGCAGCACATCCGCTTCTTCCGCCACGTCGGTCAGTTGATAGCCGTGGGTGGCATCCAGCAGATCGGCCATCTTCGATGAATCGTACTCGTTCATCTGACAGCCCCAGGTTTTAATATGAAGTTTTTTGGTCATCGACTTGCTCTTGCGAAATAGTAGCCAGGAATGCAGGGCGCATAGTGTAATGCTTTGCTGCCGTTGTGACCAGTATGAGCGTTATCAGCCCTTAGGGGTAAAAATCCTGTAAACTTAAAGCATATTGCTAACAGGATGATTGACCATGACAAATCAACCAACGGAAATTGCCATTGTCGGCGGAGGAATGGTCGGCGGCGCACTGGCGCTGGGGCTGGCACAGCACGGATTTGCGGTAACGGTGATCGAGCAC‑GCAGAACCAGCGCCGTTTG > NZ_LN832404/691597‑692168 | atCGACATAGTGGGCGCGCTGGCGAATGTGCTCGCCTTCTTGCGATGCCACGCAGCCACCGACGCCGATAATCAGGTCTGGATTCTTCTCTTTTAACAGTTTCCAGCGACCCAACTGATGGAAGACTTTTTCCTGAGCCTTCTCGCGGATTGAGCA‑GGTGTTCAGCAGCAGCACATCCGCTTCTTCCGCCACGTCGGTCAGTTGATAGCCGTGGGTGGCATCCAGCAGATCGGCCATCTTCGATGAATCGTACTCGTTCATCTGACAGCCCCAGGTTTTAATATGGAGtt > 1:676898/1‑290 (MQ=255) 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ttAATATGAAGTTTTTTGGTCATCGACTTGCTCTTGCGAAATAGTAGCCAGGAATGCAGGGCGCATAGTGTAATGCTTTGCTGCCGTTGTGACCAGTATGAGCGTTATCAGCCCTTAGGGGTAAAAATCCTGTAAACTTAAAGCATATTGCTAACAGGATGATTGACCATGACAAATCAACCAACGGAACTTGCCATTGTCGGCGGAGGACTGGTCGGCGGCGCACTGGCGCTGGGGCTTGCACAGCCCGGACTTGCGGTAACGGTG‑TCCTACACAGCAGAACCAGCGcc > 2:820928/1‑290 (MQ=255) tatGGAGTTTTTTGGTCATCGACTTGCTCTTGCGAAATAGTAGCCAGGAATGCAGGGCGCATAGTGTAATGCTTTGCTGCCGTTGTGACCAGTATGAGCGTTATCAGCCCTTAGGGGTAAAAATCCTGTAAACTAAAAGCATATTGCTAAAAGGATGATTGACCATGACAAATCAACCAACGGAAATTGCCATTGTCGGCGGAGGAATGGTCGGCGGCGCACTGGCGCTGGGGCTGGCACAGAACGGATTTGCGGTAACGGTGATCGAGCAC‑GCAGAACCAGCGCCGttt > 1:1010844/1‑290 (MQ=255) atGTAGTTTTTTGGTCATCGACTTGCTCTTGCGAAATAGTAGCCAGGAATGCAGGGCGCATAGTGTAATGCTTTGCTGCCGTTGTGACCAGTATGAGCGTTATCAGCCCTTAGGGGTAAAAATCCTGTAAACTTAAAGCATATTGCTAACAGGATGATTGACCATGACAAATCAACCAACGGAAATTGCCATTGTCGGCGGAGGAATGGTCGGCGGCGCACTGGCGCTGGGGCTGGCACAGCACGGATTTGCGGTAACGGTGATCGAGCAC‑GCAGAACCAGCGCCGTTTg > 1:707223/1‑290 (MQ=255) | ATCGACATAGTGGGCGCGCTGGCGAATGTGCTCGCCTTCTTGCGATGCCACGCAGCCACCGACGCCGATAATCAGGTCTGGATTCTTCTCTTTTAACAGTTTCCAGCGACCCAACTGATGGAAGACTTTTTCCTGAGCCTTCTCGCGGATTGAGCA‑GGTGTTCAGCAGCAGCACATCCGCTTCTTCCGCCACGTCGGTCAGTTGATAGCCGTGGGTGGCATCCAGCAGATCGGCCATCTTCGATGAATCGTACTCGTTCATCTGACAGCCCCAGGTTTTAATATGAAGTTTTTTGGTCATCGACTTGCTCTTGCGAAATAGTAGCCAGGAATGCAGGGCGCATAGTGTAATGCTTTGCTGCCGTTGTGACCAGTATGAGCGTTATCAGCCCTTAGGGGTAAAAATCCTGTAAACTTAAAGCATATTGCTAACAGGATGATTGACCATGACAAATCAACCAACGGAAATTGCCATTGTCGGCGGAGGAATGGTCGGCGGCGCACTGGCGCTGGGGCTGGCACAGCACGGATTTGCGGTAACGGTGATCGAGCAC‑GCAGAACCAGCGCCGTTTG > NZ_LN832404/691597‑692168 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |