| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NZ_LN832404 | 3423324 = | 0 (0.000) | 101 (1.190) | 78/396 | NT | 67.8% | intergenic (‑20/+146) | EK12AG100_RS17000/EK12AG100_RS17005 | 23S ribosomal RNA/tRNA‑Ala |
| ? | NZ_LN832404 | 4206479 = | 96 (1.130) | intergenic (+157/‑28) | EK12AG100_RS20830/EK12AG100_RS20835 | tRNA‑Glu/23S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GCTCCCCGTTCGCTCGCCGCTACTGGGGGAATCTCGGTTGATTTCTTTTCCTCGGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACACTGGGTTTCCCCATTCGGAAATCGCCGGTTATAACGGTTCATATCACCTTACCGACGCTTATCGCAGATTAGCACGTCCTTCATCGCCTCTGACTGCCAGGGCATCCACCGTGTACGCTTAGTCGCTTAACCTCACAACCCGAAGATGTTTCACTTCAGAGTTGCGAAAATTTGAGAGACTCACGAACAACTTTCGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTACAGAGATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGA > NZ_LN832404/3423032‑3423617 | tcgctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacacactgggtttccccattcggaaatcgccggttataacggttcatatcaccttaccgacgcttatcgcagattagcacgtccttcatcgcctctgactgccagggcatccaccgtgtacgcttagtcgcttaacctcacaacccgaagatgtttcttccgattcatcatcgtgt < 1:18370‑M1/2‑1 (MQ=255) ctcgccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacacactgggtttccccattcggaaatcgccggttataacggttcatatcaccttaccgacgcttatcgcagattagcacgtccttcatcgcctctgactgccagggcatccaccgtgtacgcttagtcgcttaacctcacaacccgcagatgtttcttacgattcatcatcgtGTTGc < 1:1374‑M1/5‑1 (MQ=255) ccgctactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacacactgggtttccccattcggaaatcgccggttataacggttcatatcaccttaccgacgcttatcgcagattagcacgtccttcatcgcctctgactgccagggcatccaccgtgtacgcttagtcgcttaacctcacaacccgaagatgtttcttacgattcatcatcgtGTtgcgcaa < 1:724772‑M1/9‑4 (MQ=255) tactgggggaatctcggttgatttcttttcctcggggtacttagatgtttcagttcccccggttcgcctcattaacctatggattcagttaatgatagtgtgtcgaaacacactgggtttccccattcggaaatcgccggttataacggttcatatcaccttaccgacgcttatcgcagattagcacgtccttcatcgcctctgactgccagggcatccaccgtgtacgcttagtcgcttaacctcacaacccgaagatgtttcttacgattcatcatcgtGTTGCGAAAAttt > 1:190411‑M1/282‑294 (MQ=255) 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catcgtGTTGCGAAAATTTGAGAGACTCACGAACAACTTTCGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTACAGAGATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAac < 1:682806‑M1/288‑1 (MQ=255) tcgtGTTGCGAAAATTTGAGAGACTCACGAACAACTTTCGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTACAGAGATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTATTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTCCAAATTTGGTAGGCTTGAGTGGACTTGAacca < 1:587688‑M1/290‑1 (MQ=255) tGTTGCGAAAATTTGAGAGACTCACGAACAACTTTCGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTACAGAGATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGCGCTATAGCCCCATCACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCTTTCACATTTGGTAGGCCTGCGTGCACTTGAACCACCg < 2:546313‑M1/293‑1 (MQ=255) | GCTCCCCGTTCGCTCGCCGCTACTGGGGGAATCTCGGTTGATTTCTTTTCCTCGGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACACTGGGTTTCCCCATTCGGAAATCGCCGGTTATAACGGTTCATATCACCTTACCGACGCTTATCGCAGATTAGCACGTCCTTCATCGCCTCTGACTGCCAGGGCATCCACCGTGTACGCTTAGTCGCTTAACCTCACAACCCGAAGATGTTTCACTTCAGAGTTGCGAAAATTTGAGAGACTCACGAACAACTTTCGTTGTTCAGTGTTTCAATTTTCAGCTTGATCCAGATTTTTAAAGAGCAAAACTTCGCAGTGAACCTTTGCAGGTACACTCTGAAGTATTTTTTATTTAATCACTACAGAGATGGTGGAGCTATGCGGGATCGAACCGCAGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTATAGCCCCATAACATGTAGTTAAAACCTCTTCAAATTTGCCGTGCAAATTTGGTAGGCCTGAGTGGACTTGAACCACCGA > NZ_LN832404/3423032‑3423617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |