| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_LN832404 | 576,592 | 0 | T | C | 50.3% | 1.4 / inf | 238 | intergenic (‑57/‑229) | EK12AG100_RS02865/EK12AG100_RS02870 | DUF1398 domain‑containing protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/59); new base C (58/62); total (117/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTGTTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGTTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCACTTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAATCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATA > NZ_LN832404/576297‑576887 | tATCATAGGACGTTTCTATAAGAGGCGTGTTTATTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCAttatcgtttttatcgtt < 1:13927/296‑1 (MQ=255) 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tcgtttttatcgcttCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCAATTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAACCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTaaaaa < 1:35562/296‑1 (MQ=255) ttttatcgtttCAATCTGGTCTGACCTCCTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCACTTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAATCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAatat > 1:765773/1‑296 (MQ=255) cgtttCAATCTGGTCTGACCTCCTTGTGTTTTGTTGATGATTCATGTCAAATATTAGGAATGTCTTCACTTAATAGTATTGGTTGAGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTACGGTCAACGTGCTCAACTCGTCATACAGTAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGACGAGCAAGCGCATGAATCGAACAAATGAATTAAGAACCCTCTGCTGATGCACACCTCGTGAATCTGCTTCGTGTAAAGTATAAGATTaa > 2:167259/1‑296 (MQ=255) | CTATCATAGGACGTTTCTATAAGATGCGTGTTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACGATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACGTTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTCTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGTTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCACTTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAATCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATA > NZ_LN832404/576297‑576887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |