| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,123,847 | G→A | 100% | intergenic (+494/‑49) | putP → / → EK12AG100_RS05615 | sodium/proline symporter PutP/FTR1 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,123,847 | 0 | G | A | 100.0% | 325.1 / ‑6.7 | 88 | intergenic (+494/‑49) | putP/EK12AG100_RS05615 | sodium/proline symporter PutP/FTR1 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (41/45); total (42/46) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AAGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTGCTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGGT > NZ_LN832404/1123555‑1124136 | aaGTTAGCTTGGATAATCGCGGATGGACGAAAGTGCTTGATACTCCCGCTTATCAGGTTTACATGGAAGCTCTGATGCAGTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACtt < 2:203590/296‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |