| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 1,619,412 | C→A | 5.2% | intergenic (+73/‑5) | EK12AG100_RS08055 → / → yneK | LysR family transcriptional regulator/putative protein YneK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,619,412 | 0 | C | A | 5.2% | 336.8 / 4.5 | 98 | intergenic (+73/‑5) | EK12AG100_RS08055/yneK | LysR family transcriptional regulator/putative protein YneK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/46); new base A (3/2); total (49/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGACAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAA > NZ_LN832404/1619122‑1619700 | tGGCCTGTGTGAGCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAata < 1:747701/296‑1 (MQ=255)tGGCCTGGGTGATCTCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAata < 1:878807/296‑1 (MQ=255) gggcgcgtgtgcaggcagTGCGCTTGTTCCGCGCTCAATTCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGGAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGTTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGcc < 2:374165/286‑1 (MQ=255) tCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAg < 1:874090/296‑1 (MQ=255) tCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTACGCGCTCTATGCGGGAAAGTAGGCCGGGGAATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAg < 1:167683/296‑1 (MQ=255) cAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGTGGAAAATATGGTTACGCCAGTaa > 1:228234/1‑296 (MQ=255) ggAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGTAAATATGGTTACGCCAGTAAGc > 1:620203/1‑296 (MQ=255) 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aTGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGACAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCg > 2:459396/1‑296 (MQ=255) tataTGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGCCAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCCGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAgg > 2:323056/1‑296 (MQ=255) tatGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGACAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGaa > 1:317150/1‑296 (MQ=255) | TGGCCTGTGTGATCGCAGGAGCAGGCATTGCGCTTATTCCGCGCTCTATGCTGGAAAGTATGCCGGGGCATCACCAGGTTGAAGCGTGGCCGTTAGCTGAGCAATGGCGTTGGTTAACAACCTGGCTGGTCTGGCGTCGTGGTGCGAAAACACGTCCGCTCGAGGCATTTATTCAACTGCTGGATGTGCCTGACTCGGCAAGACAGGGATATCAATGAGCTATTTTTGATAGTTCTTGCGGTTAATATGCTCTATATAGTGATGTTCCGATGACTTATGACTATATGGGGCAAATATGGTTACGCCAGTAAGCATCAGCAATTACATATCTCTTCCTGATGATTTTCCCGTACGTAATATTGCACCGCAGGTAAAAGAAGTTTTAAAGGATTTTATTGATGCACTTAGTACAATAATATGTAATGAAGAGTGGCGCACGTCTTTAAACATCAACTCAGCCACAAAAAAGATATTTAATAACCTTGACAACTTATCATATATTCAGAGGACTTCTTTTCGGGGTAACGACACGCTATACAATGAAAAGGTTCAGTTTAAACTCACTTATCCCGCCAGGAA > NZ_LN832404/1619122‑1619700 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |