| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 4,334,583 | Δ1 bp | 100% | intergenic (‑181/+145) | EK12AG100_RS21405 ← / ← adiA | DNA‑binding transcriptional activator AdiY/arginine decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,334,583 | 0 | A | . | 76.0% | 207.2 / 117.0 | 96 | intergenic (‑181/+145) | EK12AG100_RS21405/adiA | DNA‑binding transcriptional activator AdiY/arginine decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/10); new base . (41/32); total (54/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ACGCCATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAA‑TACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCGAAGTTTTCAC > NZ_LN832404/4334294‑4334876 | ccATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAA‑TACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAACTAACAGGCaaaaaaaa > 1:553990/1‑294 (MQ=255) 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aaCAGGC‑AAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCCGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCGAAGt > 2:162249/1‑294 (MQ=255) aaCAGGC‑AAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCGAAGt > 1:290280/1‑294 (MQ=255) aaaaaaaaaGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCGAAGTTTTCAc < 1:1049942/294‑1 (MQ=255) | ACGCCATATGGTTAGCTTTAAGGCTAATAGGTTCTTTCCCATTCACCCTTATCCAGACATCTTTTTCAGTCAATAAAACAA‑TACAAGGTTGGTCGCTGCAAATCCTCATACATGTACTCCTGAGTGCGAATAAAAGACCAGTTCTCGCTAAAGCAAAGCGATACCGGGAAATGGTTATATAATTGTATGATGAATATAAACATGCATAAAAATAACGAGTTTTACTAATAGTACAAATTTTTATAGTAATTTCTCATGTACATATTTTTTTACAGGATAAATAACAGGCAAAAAAAAAGCGCGGGGTGGGGCCGCGCAAAAAGTATGACATTTTTGTTTGCAGCAATTTTTATGAAAACGTTGCCATACTCAAAAGGCCTAAGGCCAGGCGGCGTAATGTTATTTAAACAATTACGCCTTCAGCGGAATAGTGGTTACGCTTTCACGCACATAACGTGGTAAATACCGTCAATAATTTCAGTCCCTTCAGTTTCGTGTTCAAATCCAGGGAAATGGTGGTCCCAGGATTGCAGCGAGCGTAAATAACTTACTTGCGGACTGTTTTTATCGCCGAAGTTTTCAC > NZ_LN832404/4334294‑4334876 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |