| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 3,021,900:1 | +T | 100% | pseudogene (1246/1400 nt) | xanQ → | xanthine/proton symporter XanQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,021,900 | 1 | . | T | 77.3% | 322.1 / 92.9 | 110 | pseudogene (1246/1400 nt) | xanQ | xanthine/proton symporter XanQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (14/11); new base T (45/40); total (59/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
ATTAACCACGTTTGCGCAAAATAATGGGGTTATTCAGATGACTGGCGTCGCTTCACGTTATGTCGGGCGAACCATCGCGGTAATGCTGGTTATCCTCGGCTTATTTCCGATGATTGGCGGCTTCTTCACGACCATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCG‑CCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCG‑AA‑A‑TTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGGTTAACTGCGATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGGAAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTACGAGGCAGTTTTATTGATGTCACCCGTACGATCGATAACCCGGAAGAGATTGCCTCTGCGCTGCGGTTTATTGAGGATGGTTTATT > NZ_LN832404/3021608‑3022187 | aTTAACCACGTTTGCGCAAAATAATGGGGTTATTCAGATGACTGGCGTCGCTTCACGTTATGTCGGGCGAACCATCGCGGTAATGCTGGTTATCCTCGGCTTATTTCCGATGATTGGCGGCTTCTTCACGAACATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCG‑CCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGACTTGTCGTCTCCTAAGATCCCG‑AA‑A‑t > 1:52730/1‑294 (MQ=255) ttAACCACGTTTGCGCAAAATAATGGGGTTATTCAGATGACTGGCGTCGCTTCACGTTATGTCGGGCGAACCATCGCGGTAATGCTGGTTATCCTCGGCTTATTTCCGATGATTGGCGGCTTCTTCACGACCATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCACTGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCCTCACCAACGGTTTACAGCG‑CCGGTAACAACTTATTTTTGCCACTTCTTTAGGTTTTGGGCTTGGCGTCTCCTACGGCCCCG‑AA‑A‑tt > 2:1024106/1‑294 (MQ=255) tAACCACGTTTGCGCAAAATAATGGGGTTATTCAGATGACTGGCGTCGCTTCACGTTATGTCGGGCGAACCATCGCGGTAATGCTGGTTATCCTCGGCTTATTTCCGATGATTGGCGGCTTCTTCACGACCATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCG‑CCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCG‑AC‑A‑ttt > 1:961023/1‑294 (MQ=255) aaCCACGTTTGCGCAAAATAATGGGGTTATTCAGATGACTGGCGTCGCTTCACGTTATGTCGGGCGAACCATCGCGGTAATGCTGGTTATCCTCGGCTTATTTCCGATGATTGGCGGCTTCTTCACGACCATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCCTCCCCAACGGTTTAAAGCG‑CCGTGAAACCCTTATTTGCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACTATCCCA‑CA‑A‑tttt > 2:604057/1‑294 (MQ=255) 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tctcCTACGATCCCG‑AA‑ATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGGTTAACTGCGATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGGAAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTACGAGGCAGTTTTATTGATGTCACCCGTACGATCGATACCCCGGCAAAGATTACCTCTGCGCTGCCGTTTAtgta > 2:219605/1‑291 (MQ=255) tcCTACGATCCCG‑AA‑ATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGGTTAACTGCGATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGGAAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTACGAGGCAGTTTTATTGATGTCACCCGTACGATCGATAACCCGGAAGAGATTGCCTCTGCGCTGCGGTTTATTGAgg < 1:265085/294‑1 (MQ=255) aCGATCCCG‑AA‑ATTTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGGTTAACTGCGATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGGAAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGACGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTACGAGGCAGTTTTATTGATGTCACCCGTACGATCGATAACCCGGAAGAATTTGCCACTGAGCTGCGGTTTATTGAGGATgg > 2:990594/1‑294 (MQ=255) 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ATTAACCACGTTTGCGCAAAATAATGGGGTTATTCAGATGACTGGCGTCGCTTCACGTTATGTCGGGCGAACCATCGCGGTAATGCTGGTTATCCTCGGCTTATTTCCGATGATTGGCGGCTTCTTCACGACCATTCCCTCGGCAGTTCTGGGAGGCGCAATGACGTTGATGTTTTCCATGATTGCCATCGCAGGGATTCGCATCATCATCACCAACGGTTTAAAGCG‑CCGTGAAACACTTATTGTCGCCACTTCTTTAGGTTTAGGGCTTGGCGTCTCCTACGATCCCG‑AA‑A‑TTTTAAAATATTGCCAGCCTCTATTTATGTATTAGTTGAAAACCCTATTTGTGCTGGCGGGTTAACTGCGATTTTATTAAATATTATCCTCCCTGGTGGCTACCGACAGGAAAACGTTCTGCCTGGTATTACCTCAGCGGAAGAGATGGATTAACAGTAAAGGAGTCAATGATGTCAGGAGAACACACGTTAAAAGCGGTACGAGGCAGTTTTATTGATGTCACCCGTACGATCGATAACCCGGAAGAGATTGCCTCTGCGCTGCGGTTTATTGAGGATGGTTTATT > NZ_LN832404/3021608‑3022187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |