Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC | NZ_LN832404 | 1,982,569 | (ATTA)2→1 | 63.3% | intergenic (‑536/‑117) | flhD ← / → uspC | flagellar transcriptional regulator FlhD/universal stress protein UspC |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_LN832404 | = 1982568 | 21 (0.180) | 36 (0.310) | 31/558 | NT | 63.3% | intergenic (‑535/‑121) | flhD/uspC | flagellar transcriptional regulator FlhD/universal stress protein UspC |
? | NZ_LN832404 | 1982573 = | 21 (0.180) | intergenic (‑540/‑116) | flhD/uspC | flagellar transcriptional regulator FlhD/universal stress protein UspC |
TTTCAATCTGTTAAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAATGTACAATCAATTAGCTGCGCCGATGCTTGAAGATTTACGCAGC > NZ_LN832404/1982434‑1982865 | aaagaaaggcaaaaaTCAACTTAAAGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCGGTTTGACCGAGTTGGGAGTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTaca < 2:906572/282‑1 (MQ=255) 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attaTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTCTCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACCCATCCGTTTAATTACTCTCGCTTCCGCCCCGGAAATGTACCATCACTTCGCTACGCCGATGTTTTAAGATTTAAGc > 2:797583‑M2/5‑294 (MQ=255) taTCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGTGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAATGTACAATCAATTATCTGCGCCGATGCTTGAAGATTTACGCAg < 1:691343‑M2/292‑1 (MQ=255) aTCTTTACTAATAATCATACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATATCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAATGTACAATCAATTAGCTGCGCCGATGCTTGAAGATTTACGCagt < 1:985546‑M2/293‑2 (MQ=255) 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TTTCAATCTGTTAAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTGAAGTTCACAGAATAAGGAACAGGTTATGAGCTATAGCAATATTCTTGTCGCTGTTGCGGTTACACCGGAAAGTCAGCAACTGCTGGCAAAAGCGGTATCTATCGCCAGGCCAGTAAAGGGACACATCAGTTTAATTACTCTCGCTTCCGACCCGGAAATGTACAATCAATTAGCTGCGCCGATGCTTGAAGATTTACGCAGC > NZ_LN832404/1982434‑1982865 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |