| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 1,082,666 | T→G | 81.7% | L277L (CTT→CTG) | EK12AG100_RS05400 → | cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,082,666 | 0 | T | G | 81.7% | 267.2 / 49.0 | 107 | L277L (CTT→CTG) | EK12AG100_RS05400 | cytochrome d ubiquinol oxidase subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/11); new base G (45/42); total (54/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGG‑CATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCA‑GCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTACAAAATGTGGGGGCGCATGACAACAGAAACTCTCCGCCGTAACG > NZ_LN832404/1082382‑1082955 | cAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATGCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATg > 1:807604/1‑294 (MQ=255) ggTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTTTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGct > 1:678115/1‑293 (MQ=255) gggCGTATGGTTAAAACTGAAAACGGTTGTGGTGATTCATCGGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTGTGCTGGCTGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGAt < 2:499278/293‑1 (MQ=255) gTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTAt < 1:107731/294‑1 (MQ=255) ttACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCGGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGt < 1:429793/294‑1 (MQ=255) aCAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATCATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGCTTCTTCTGCCCATGGCTGACGGTGATGGCTGTTTGTCGTGGTCg > 2:62115/1‑294 (MQ=255) aaCTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGcc > 1:1006811/1‑294 (MQ=255) aaCTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGcc > 1:555969/1‑294 (MQ=255) acttagatctgtgagtgtGGTTCAGCTGCGGTCACGGCTTGCGTCCGATCGGGTTGCTCTGTTGGGGATGCGTGGTTTTTTGCTTGCGGTGTACTGGCTGTGGTTCGGGATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGccc < 2:450234/280‑1 (MQ=255) aCTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTgg > 2:802897/1‑294 (MQ=255) tGTTGGTGTGATTCATCTGTGTTCACAGCGGGGTACGAAACGCGCTGCACTGTTGGGGATGTTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTGGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCCGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTgggg < 2:834502/294‑1 (MQ=255) gTTTGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGa < 1:863169/294‑1 (MQ=255) gtgtGATTCATCTGCGTTCGCAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTTGCCCGGGTTGGGGAtttt > 1:1047125/1‑294 (MQ=255) gtgATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGATGCTGGGTTTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGTTTTTTCGTTGTTGCCCGGGTTGGGGTTTTTTg > 2:849482/1‑294 (MQ=255) gATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGGTTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGAt > 1:986018/1‑294 (MQ=255) cATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGAttttgtttggca > 2:72494/1‑286 (MQ=255) 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tcttctGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGG‑CATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCA‑GCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTACAAAATGTGGGGGCGCATGACAACAGAAActc < 1:275953/294‑1 (MQ=255) gtcgtgctGCTGACTGAGATGTCGATTTTTCGTGGTGGCCCGTGTGGGGGAGTTGTTGTGG‑CATCATTGATGCAATTGGTCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCAGGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCA‑GCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTACAAAATGTGGGGGCGCATGACAACAGAAACTCTccgc < 2:568695/287‑1 (MQ=255) tGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGAGTTTTGATGG‑CATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGACAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCA‑GCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTACAAAATGTGGGGGCGCATGACAACAGAAACTCTCCGCCGTAACg < 1:342119/294‑1 (MQ=255) | CAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTTACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATGG‑CATCATTGATGCAATTTGGCGTGATTTTCACGGCAGGCATCACGCTGTTCCCCTTTGTCATGCCGTCAAGCGTGAGTCCGATCTCCAGCCTGACGTTGTGGGACAGTACTTCCAGTCA‑GCTGACGCTGAGCATTATGTTGGTAATCGTGCTGATATTTTTGCCCATTGTGTTGCTCTACACTCTCTGGAGCTACTACAAAATGTGGGGGCGCATGACAACAGAAACTCTCCGCCGTAACG > NZ_LN832404/1082382‑1082955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |