| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 502,728 | 0 | C | T | 65.1% | 140.8 / 119.0 | 126 | intergenic (‑191/+47) | EK12AG100_RS02465/EK12AG100_RS02470 | Kef family K(+) transporter/fosmidomycin MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/21); new base T (43/37); total (66/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
ACCAGAGGAGAAATACGTAGTTTATTGGCCAGCATGC‑CGAGGATAAAGGCGAGCACAAGGCCGCCAACAATGGTGGTGATAAGCGGGGTGGCGTGATGCATTCCGTCTCCTTTTCCTGGTGGTTATTGTCCATTTTTGGCCGGGAAAACCAAAATTACAGGTAATAGTTTATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTCCCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAGCGAGGA > NZ_LN832404/502437‑503013 | accaGAGGAGAAATACGTAGTTTATTGGCCAGCATGC‑CGAGGATAAAGGCGAGCACAAGGCCGCCAACAATGGTGGTGATAAGCGGGGTGGCGTGATGCATTCCGTCTCCTTTTCCTGGTGGTTATTGTCCATTTTTGGCCGGGAAAACCAAAATTACAGGTAATAGTTTATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGa > 1:348972/1‑294 (MQ=255) 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ggAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTCCCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAg < 1:176973/294‑1 (MQ=255) ggCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCGCAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTCCCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAGCGAgg > 1:232480/1‑294 (MQ=255) gCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTCCCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAGCGAGGa > 1:261371/1‑294 (MQ=255) | ACCAGAGGAGAAATACGTAGTTTATTGGCCAGCATGC‑CGAGGATAAAGGCGAGCACAAGGCCGCCAACAATGGTGGTGATAAGCGGGGTGGCGTGATGCATTCCGTCTCCTTTTCCTGGTGGTTATTGTCCATTTTTGGCCGGGAAAACCAAAATTACAGGTAATAGTTTATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATCGGCGATAAGCCCCAGAACTGCCGCTCCCAGACCTCCCATGCCAAAAGCAAAACCGAAAAAGAGTCCAGAAACCATACCGATACGTCCTGGAAGCAGCTCCTGAGCGTAGACCAGAATGGCAGAGAATGCCGAAGCGAGGA > NZ_LN832404/502437‑503013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |