| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,238,871 | G→A | 48.3% | L403L (CTG→CTA) ‡ | EK12AG100_RS06230 → | NADP‑dependent isocitrate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,238,871 | 0 | G | A | 48.3% | ‑3.2 / 90.5 | 60 | L403L (CTG→CTA) ‡ | EK12AG100_RS06230 | NADP‑dependent isocitrate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/14); new base A (16/13); total (33/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.34e-01 | |||||||||||
GTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACATTTATTTGTTATT > NZ_LN832404/1238579‑1239163 | aggccgtgtttccttatgccttccttcaacagttcctgctgcgtccggctgaatatgatgttatcgcctgtattatcctgaacggtgactccatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGa > 2:202672‑M1/239‑294 (MQ=255) attgctgatgcattcctgcaacagatcctgctgcgtccggctgaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTaaa > 1:472577‑M1/231‑294 (MQ=255) ctgatgcattcctgcaacagatcctgctgcgtccggctgaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTa > 1:203251‑M1/227‑294 (MQ=255) tgatgcattcctgcaacagatcctgctgcgtccggctgaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTAt > 2:517376‑M1/226‑294 (MQ=255) attcctgcaacagatcctgctgcgtccggctgaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAgg > 1:90777‑M1/220‑294 (MQ=255) tcctgcaacagatcctgctgcgtccggctgaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACCTGGGTTGGACCGAAGCGGCTGCCTTAATTGTTAaaggtatgtaggggg < 2:500239‑M1/77‑8 (MQ=255) cctgcaacggatccgtgtgcctccggcgtaatatgaggttagcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcgttgacgaatgcgccctgtgtgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGgc‑gc > 2:840947‑M1/217‑294 (MQ=255) caacagatcctgctgcgtccggcttaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgcccttgcatcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatctgtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACTTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑Gcaatc > 1:794576‑M1/213‑294 (MQ=255) caacagatcctgctgcgtccggctgaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑Gcaatc < 1:963112‑M1/82‑1 (MQ=255) aacagatcctgctgcgtccggctgaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaaacctggatctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGACATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGAAGGTTAAAGGTAGGGAAGGA‑Gaaatca < 2:972221‑M1/83‑1 (MQ=255) gatcctgctgcgtccggctgaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGc > 1:523427‑M1/208‑294 (MQ=255) ccggctgaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaactatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGCTGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑TCAATCAACGCGAAAACcgtaccc < 2:268758‑M1/100‑4 (MQ=255) ccggctgaatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAacc > 2:367073‑M1/195‑293 (MQ=255) aatatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattctTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGCAGCGGCTGACTTAATTGTTAAATGTATGGAAGGC‑GCAATAAAcgcgaaaaccgtcacctttgcat < 2:198684‑M1/107‑12 (MQ=255) atatgatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACtt < 1:318953‑M1/108‑1 (MQ=255) gatgttatcgcctgtatgaacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAAGCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCgag < 1:252726‑M1/112‑2 (MQ=255) atctcctaactgcacctgatctgggactacctttcttgcgccctgcgagcgcaggttggcggtatcggtttcgcccctgttgcaaacatcgttgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTg > 2:173022‑M1/177‑294 (MQ=255) ctgtatgcacctgaacggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGa < 1:615135‑M1/123‑1 (MQ=255) ggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAActgctg < 1:545454‑M1/139‑1 (MQ=255) ggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAActgctg < 1:762405‑M1/139‑1 (MQ=255) ctgcatgtcggacgccctggcagcgcaggttggcggtatcgggagcgccccttgtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATg > 2:398504‑M1/151‑294 (MQ=255) atttctgacgcccgggtagcgcggtttggcgggatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgctccctgtttgaagccccccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑Ca > 1:509767‑M1/147‑294 (MQ=255) gccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAActgctgaaatgttaacggtttgtt < 2:264629‑M1/157‑12 (MQ=255) cctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGCCTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGGAAACCGCAACCTATGCCTTCGAGCGTCTGATGGATTGCGCTAAACTGCTTAAATGGT‑CAGAGTTTGGTGa < 2:164326‑M1/159‑1 (MQ=255) cctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGa > 1:277341‑M1/136‑294 (MQ=255) cctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggggacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGa > 2:92879‑M1/136‑294 (MQ=255) agcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCCACGAGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCAGATGGATGGAGATAAAAGGCCGAAAAGTT‑CAGGGTtaggtgacgggtt < 2:496019‑M1/165‑7 (MQ=255) agcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGACGCGat < 1:507193‑M1/165‑1 (MQ=255) gcgcagggtggcgggaacggagtcacccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGACGCGatc > 2:354976‑M1/129‑294 (MQ=255) cggggtggcggtttcggtatagcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGACGCGatcatc > 2:179175‑M1/126‑294 (MQ=255) tggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCTAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGaaaa > 2:360323‑M1/121‑294 (MQ=255) cggtatcgctccgggggcaaaatacggggacgaatgcgccctgtttgaagccacacacggtacgtcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGAGGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAAtc > 2:282509‑M1/112‑294 (MQ=255) cggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAatg > 1:602285‑M1/112‑293 (MQ=255) atcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGCTGGCGCTAAACTGCTGCAATGTT‑CAGAGTTTGGTGACGCGATCCTCGAAAatgtgtaaagccgt < 2:441482‑M1/187‑7 (MQ=255) gcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GAAATCAACGCGAAAACCGTAACATATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAAATGT‑AAGAGTTTGGAGAAGGGATCCacgaaaacatgttcagcggtagt < 2:109375‑M1/190‑12 (MQ=255) tggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGACGCGATCATcgaaaacatgtaatgccgtagtttgtt > 1:744917‑M1/100‑281 (MQ=255) cggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgctccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatccttgctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAAc > 1:957189‑M1/88‑294 (MQ=255) ggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTACATATTGAAACg < 1:653752‑M1/208‑1 (MQ=255) agccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAAATGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTG‑TTAAATTTATTAACGGGAGCG‑TAACGCTCCCGTTGttt > 1:757245‑M1/64‑294 (MQ=255) ccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTG‑TTAAATTTATTAACGGGAGCG‑TAACGCTCCCGTTgttttt < 1:901815‑M1/233‑2 (MQ=255) acggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTAtg > 1:132463‑M1/56‑294 (MQ=255) ggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCg < 1:819451‑M1/262‑1 (MQ=255) tagtcatctaactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCa > 1:754227‑M1/15‑294 (MQ=255) agtcatctaactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACAAGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCTTATCTAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTAAGCCcaa < 2:68108‑M1/281‑2 (MQ=255) atctaactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATgg < 1:236784‑M1/285‑1 (MQ=255) atctaactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTAATTGAGcccataagg < 1:1055988‑M1/285‑4 (MQ=255) tctaactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCAGTTGATTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAACATATTTATATGAA‑GCACAATACTTgaacccaataggg < 2:970374‑M1/286‑7 (MQ=255) aactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCat > 1:754026‑M1/6‑294 (MQ=255) atgCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTG‑TTGGTAAAGGTTAGGAAGGCGGCAACCAATGCAAAGACGTTAATTTATAATTTGGAACGCCGGTTGAAGGCCGCAAGGCTG‑TTAAATGTTCCGGGGTTTGGTGAAGCGATC‑TCGCAAAAATGGAATTCTTCCCAGTGTTTAATTATTGAAA‑GGGCCTATTAACACGCCCTTTGTTTATTTTATGTGACTATATTTAATACCTAATCGA‑CAATTTTTTATGAACGCCCATACTTTGATCCAAAAT‑GGCATtttttt > 2:317719/1‑294 (MQ=255) agaggtggCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGAACTGATTGGTAAAGGTATGGAAGTC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATAttttt > 2:1044617‑M1/9‑294 (MQ=255) GCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTta < 1:94937‑M1/294‑1 (MQ=255) GCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATaa > 1:660096‑M1/1‑294 (MQ=255) CGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAAt < 1:732973‑M1/294‑1 (MQ=255) TATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAAc < 2:61741‑M1/294‑1 (MQ=255) TATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAAc > 1:461997‑M1/1‑294 (MQ=255) TATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAAc < 1:971240‑M1/294‑1 (MQ=255) TATGGGTGGGACGGAGGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAAc > 2:431696‑M1/1‑294 (MQ=255) GGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACtatt > 1:480850‑M1/1‑294 (MQ=255) GTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACtatta < 1:633352‑M1/294‑1 (MQ=255) TTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACtattat > 2:239159‑M1/1‑294 (MQ=255) TTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACtattat > 1:711205‑M1/1‑294 (MQ=255) GGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGt < 1:927640‑M1/294‑1 (MQ=255) GACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTa < 1:728559‑M1/294‑1 (MQ=255) aatgGGCTGACCTGATTGTTAAAGGAATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACat > 2:838170‑M1/5‑294 (MQ=255) CTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACatttattt < 1:1040498‑M1/294‑1 (MQ=255) CTGACCTAATTTGTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAAGCAATGCCAAGACCTTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCGGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACatttattt > 2:286040‑M1/1‑294 (MQ=255) CTGATGGTTAAAGGTATGGAAAGC‑GCAATAAATGCCAAAACCGTAACTTATGACTTCGAACGGCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATTTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACATTTATTTGTTAt > 2:382387‑M1/1‑294 (MQ=255) TGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGGAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACATTTATTTGTTAtt > 1:337942‑M1/1‑294 (MQ=255) TGATGGTAAATGGCATGCACGGC‑GTAATCAAGGCCAAGACCGTAACTTATGACTTTGAACGTCTGATTGAAGGCGCTAATCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTGTGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACATTTATTTGTTAtt > 2:556010‑M1/1‑294 (MQ=255) | GTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACATTTATTTGTTATT > NZ_LN832404/1238579‑1239163 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |