| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 1,238,928 | A→G | 24.2% | E422E (GAA→GAG) | EK12AG100_RS06230 → | NADP‑dependent isocitrate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,238,928 | 0 | A | G | 24.2% | 129.3 / 37.8 | 66 | E422E (GAA→GAG) | EK12AG100_RS06230 | NADP‑dependent isocitrate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/23); new base G (10/6); total (37/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
AACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACATTTATTTGTTATTTTGCTTTCTCCTGGAGGACACTCTTGACTGCTTTTGAGTAAACTCCATAAATCCTTG > NZ_LN832404/1238641‑1239220 | atctcctaactgcacctgatctgggactacctttcttgcgccctgcgagcgcaggttggcggtatcggtttcgcccctgttgcaaacatcgttgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTg > 2:173022‑M1/177‑294 (MQ=255) 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ctgcatgtcggacgccctggcagcgcaggttggcggtatcgggagcgccccttgtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATg > 2:398504‑M1/151‑294 (MQ=255) atttctgacgcccgggtagcgcggtttggcgggatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgctccctgtttgaagccccccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑Ca > 1:509767‑M1/147‑294 (MQ=255) gccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAActgctgaaatgttaacggtttgtt < 2:264629‑M1/157‑12 (MQ=255) 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cggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAatg > 1:602285‑M1/112‑293 (MQ=255) atcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGCTGGCGCTAAACTGCTGCAATGTT‑CAGAGTTTGGTGACGCGATCCTCGAAAatgtgtaaagccgt < 2:441482‑M1/187‑7 (MQ=255) gcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GAAATCAACGCGAAAACCGTAACATATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAAATGT‑AAGAGTTTGGAGAAGGGATCCacgaaaacatgttcagcggtagt < 2:109375‑M1/190‑12 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |