Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NZ_LN832404 | 1,238,940 | A→T | 18.6% | E426D (GAA→GAT) | EK12AG100_RS06230 → | NADP‑dependent isocitrate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_LN832404 | 1,238,940 | 0 | A | T | 18.6% | 172.8 / 34.4 | 70 | E426D (GAA→GAT) | EK12AG100_RS06230 | NADP‑dependent isocitrate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/26); new base T (9/4); total (40/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.99e-01 |
CTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACATTTATTTGTTATTTTGCTTTCTCCTGGAGGACACTCTTGACTGCTTTTGAGTAAACTCCATAAATCCTTGTTGAATGGTGC > NZ_LN832404/1238662‑1239231 | ggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAActgctg < 1:762405‑M1/139‑1 (MQ=255) ggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAActgctg < 1:545454‑M1/139‑1 (MQ=255) ctgcatgtcggacgccctggcagcgcaggttggcggtatcgggagcgccccttgtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATg > 2:398504‑M1/151‑294 (MQ=255) atttctgacgcccgggtagcgcggtttggcgggatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgctccctgtttgaagccccccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑Ca > 1:509767‑M1/147‑294 (MQ=255) gccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAActgctgaaatgttaacggtttgtt < 2:264629‑M1/157‑12 (MQ=255) cctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGCCTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGGAAACCGCAACCTATGCCTTCGAGCGTCTGATGGATTGCGCTAAACTGCTTAAATGGT‑CAGAGTTTGGTGa < 2:164326‑M1/159‑1 (MQ=255) cctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGa > 1:277341‑M1/136‑294 (MQ=255) 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acggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTAtg > 1:132463‑M1/56‑294 (MQ=255) ggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCg < 1:819451‑M1/262‑1 (MQ=255) tagtcatctaactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCa > 1:754227‑M1/15‑294 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |