| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 1,637,283 | A→G | 50.8% | Q3R (CAA→CGA) | EK12AG100_RS08155 → | recombinase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,637,283 | 0 | A | G | 50.8% | 1.4 / 308.8 | 199 | Q3R (CAA→CGA) | EK12AG100_RS08155 | recombinase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/45); new base G (53/48); total (106/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TTAACAACATTTTGCTCCACTTTTCCACGACCAAACAACTTGAAATCTGGTTAAAATAACACGCAACACTATTCTTCTTCCTTGAGTCCGCCCGGAACTCGAAAAACAAACCGAGTTAAAGCCATTTTTCACAAAATCGATTTTGGGTCTCACCAAAATTACGGGGTTGCATACGCATTCGTTTATTTTCGAACGTGTACATACAAATATGCACAAAAATAATCATAATTATTTTCTG‑AGATGCATTATGATATGAACACCAATTTCGTATAGAGTCTCACTATGTC‑TCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGCA > NZ_LN832404/1636994‑1637572 | aacaacATTTTGCTCCACTTTTCCACGACCAAACAACTTGAAATCTGGTTAAAATAACACGCAACACTATTCTTCTTCCTTGAGTCCGCCCGGAACTCGAAAAACAAACCGAGTTAAAGCCATTTTTCACAAAATCGATTTTGGGTCTCACCAAAATTACGGGGTTGCATACGCATTCGTTTATTTTCGAACGTGTACATACAAATATGCACAAAAATAATAATAATTATTTTCTG‑AGATTCATTATGATATGAACACCAATTTCGTATAGAGTCTCAATATGTC‑TCAAAtttt > 2:849170/1‑294 (MQ=255) 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gTC‑TCGAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGc < 1:792811/294‑1 (MQ=255) gTC‑TCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGTAACAACTGACCGAAACAGCTATCAGAGTGAATTGCTTacg > 2:979210/1‑292 (MQ=255) gTC‑TCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGAGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGc > 2:325730/1‑294 (MQ=255) | TTAACAACATTTTGCTCCACTTTTCCACGACCAAACAACTTGAAATCTGGTTAAAATAACACGCAACACTATTCTTCTTCCTTGAGTCCGCCCGGAACTCGAAAAACAAACCGAGTTAAAGCCATTTTTCACAAAATCGATTTTGGGTCTCACCAAAATTACGGGGTTGCATACGCATTCGTTTATTTTCGAACGTGTACATACAAATATGCACAAAAATAATCATAATTATTTTCTG‑AGATGCATTATGATATGAACACCAATTTCGTATAGAGTCTCACTATGTC‑TCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGCA > NZ_LN832404/1636994‑1637572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |