| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 2,043,369 | A→C | 78.7% | D319A (GAC→GCC) | msrP → | protein‑methionine‑sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 2,043,369 | 0 | A | C | 78.7% | 248.7 / 66.5 | 113 | D319A (GAC→GCC) | msrP | protein‑methionine‑sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/13); new base C (48/41); total (59/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGG‑TCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGA > NZ_LN832404/2043078‑2043661 | aTGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGCGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGG‑TCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAAAGCACCTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCAt > 1:969897/1‑294 (MQ=255) 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ccaACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCCCGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTa > 2:976700/1‑294 (MQ=255) caACGGTACTGTTTATGGGTTACGTCGCGCAGGTGGCATCGCGGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGGGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGGGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTAt < 2:655246/294‑1 (MQ=255) aaCGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGAACTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCCAAACAGCCGTTCtt > 2:337764/1‑294 (MQ=255) aCTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCCTTTTACTGGTCGCCCTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTTGCACTCTACGCCACTCCGCCGTTATTGCTAcc > 2:949414/1‑293 (MQ=255) gTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCAGTTTCCCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGTTGGACTTGGTGCCTATCAGGTGAAAGATCTTCAGCATTTTAATGGTCGCAATCAACTGAAATTTTTGCTGTCCACCTTGGTACTAACCCCTGTTGCACGCTACGCTACACAACCGtatctgctacaccc > 2:26046/1‑281 (MQ=255) gttAATGGTTACGCCGACCAGGTGGTATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACt < 1:733321/293‑1 (MQ=255) ttAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCCATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGAACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTCATCCCCCCTCTGGCCCGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTc > 2:678888/1‑294 (MQ=255) gccgccCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTAAGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTa > 1:583421/1‑294 (MQ=255) gACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATAACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACCGCCGTTATTGATCCGCACTCCCCGCCTGTTAggc > 2:754603/1‑293 (MQ=255) | TAGGTGTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGG‑TCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACGCTACGCAAAACAGCCGTTATTGATACGCACTCGCCGCCTGTTAGGA > NZ_LN832404/2043078‑2043661 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |