| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_LN832404 | 3,769,687 | T→C | 83.5% | pseudogene (895/1913 nt) | EK12AG100_RS18705 → | PTS mannitol transporter subunit IICBA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_LN832404 | 3,769,687 | 0 | T | C | 83.5% | 279.0 / 47.8 | 115 | pseudogene (895/1913 nt) | EK12AG100_RS18705 | PTS mannitol transporter subunit IICBA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/10); new base C (50/46); total (59/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
GGGTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCAT‑CTCC‑G‑GTTTTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAA‑AGGTGCTTACTTCGCT‑AACATCGCGGGTGTGTGTG‑CGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGATGGGCGCAG > NZ_LN832404/3769395‑3769977 | gggTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCAT‑CTCC‑G‑Ggttc > 1:44053/1‑293 (MQ=255) 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tCCTGTGCGGTGGTCTGTTTTCTCCTGCAT‑CTCCTG‑GTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAA‑AGGTGCGTACTTCGCT‑AACATCGCGGGTGTGTGTG‑CGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCt < 1:876112/294‑1 (MQ=255) ttgtggggttgtGTGTTTTCTCCGTCTT‑TTCCGG‑GTGCTAGCCTGTCTGTACGGGCAATGAAACCACA‑AGGGGCTGCCTTCGCT‑AACATCGCGGGTGTGGGTG‑TGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGGAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCtgt < 2:968451/288‑1 (MQ=255) cTGGGCGTTGGTCTGGTTTCTCCGGCAT‑CTCCGG‑GTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAA‑AGGTGCTTACTTCGCT‑AACATCGCGGGTGTGTGTG‑CGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCtgt < 1:692576/294‑1 (MQ=255) ggtggtCTGGTTTCTCCGGCAT‑CTCCGG‑GTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAA‑AGGTGCTTACTTCGCT‑AACATCGCGGGTGTGTGTG‑CGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGcc > 1:328746/1‑294 (MQ=255) ggTTTCTCCGGCAT‑CTCCGG‑GTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAA‑AGGTGCTTACTTCGCT‑AACATCGCGGGTGTGTGTG‑CGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATggg > 1:146126/1‑294 (MQ=255) aT‑CTCCGG‑GTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAA‑AGGTGCTTACTTCGCT‑AACATCGCGGGTGTGTGTG‑CGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGAt < 1:463281/294‑1 (MQ=255) tccgg‑gTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAA‑AGGTGCTTACTTCGCT‑AACATCGCGGGTGTGTGTG‑CGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGATggg > 1:748567/5‑294 (MQ=255) gg‑gTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAA‑AGGTGCTTACTTCGCT‑AACATCGCGGGTGTGTGTG‑CGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGATGGgcgc > 1:731686/2‑294 (MQ=255) gTTCTATCCTTGTGGTACGGGGGATGACATCAAA‑AGTTGCTTACTCCGCT‑AACATCGCGGGTGGGTGTG‑CGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCGCGGCTAGTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGATGGGCGCAg < 2:681869/294‑1 (MQ=255) | GGGTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCAT‑CTCC‑G‑GTTTTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAA‑AGGTGCTTACTTCGCT‑AACATCGCGGGTGTGTGTG‑CGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGATGGGCGCAG > NZ_LN832404/3769395‑3769977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |