| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 4,090,243 | C→T | 81.8% | G168D (GGC→GAC) | rhaD ← | rhamnulose‑1‑phosphate aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,090,243 | 0 | C | T | 81.8% | 212.9 / 38.1 | 88 | G168D (GGC→GAC) | rhaD | rhamnulose‑1‑phosphate aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/10); new base T (38/34); total (44/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
AAACGCTTGCCGAGCGCTATCAACTCTTCACGGCTGATGGTCTGTTTCATGCCGCCCATCGAATAAACCTTCACTAATACTTGTGCTGATTTTTCTGCGGTGTCGATTAAACCGAAGGTTTCATCCAGCGTCGGTCCGCTGCCGAAGACGCCGTGGAAGGGCCACAACACCAGCGAATGTTTTTGCATCTCTTGTGCGGTCGCCTGGCCGATTTCGTCCGTGCCGGGCACCATCCACGGCAAAAT‑GCCAACGCCATCCGGGAATACCACCAGACACTCGGTGCTGCCTTCCCACAGTTGGCGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGA‑AGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGT > NZ_LN832404/4089958‑4090529 | gagcGCTGGCCTGGCGCTATCCACTCTCGCCGGCTGGTGGTCTGTTTCATGCCGGCAGTCGAATAAACGTTCACTAAGACTTGTGCTGATTTTTCTGCGGGGTCGATTAAACCGAAGGTTTCATCCAGCGTCGGTCCGCTGCCGAAGACGCCGTGGAAGGGCCACAACACCAGCGAATGTTTTTGCATCTCTTGTGCGGTCGCCTGGCCGATTTCGTCCGTGCCGGGCACCATCCACGGCAAAAT‑GCCAACGCCATCCGGGAATACCACCAGACACTCGGTGCTGTCTTCCcac < 2:101708/291‑1 (MQ=255) cGCTTGCCGCGCGCTATCAACTCTTCACGGCTGATGGTCTGGTTCATTCCGCCCATCGAATAAACCTTCACGAATACTTGTGCTGATTTTTCTGCGGTGTCGATTAAACCGAAGGTTTCATCCAGCGTCGGTCCGCTGCCGAAGACGCCGTGGAAGGGCCACAACACCAGCGAATGTTTTTGCATCTCTTGTGCGGTCGCCTGGCCGATTTCGTCCGTGCCGGGCACCATCCACGGCAAAAT‑GCCAACGCCATCCGGGAATACCACCAGACACTCGGTGCTGTCTTCCCACAGt < 1:801291/294‑1 (MQ=255) ttGCCGAGCGCTATCAACTCTTCACGGCTGATGGTCTGTTTCATGCCGCCCATCGAATAAACCTTCACTAATACTTGTGCTGATTTTTCTGCGGTGTCGATTAACCCGAAGGTTTCATCACGCGTCGGTCCGCTGCCGAAGACGCCGTGGAAGGGCCACAACACCAGCGAATGTTTTTGCATCCCTTGTGCGGTCCCCTGGCCGATTTCGTCCGTGCCGGGCACCATCCACGGCAAACT‑GCCAACGCCATCCGGAAATACCACCAGAACCCCGGTACTGTCTTCCAACCGTTgc > 2:677165/1‑293 (MQ=255) ccGAGCGCTATCAACTCTTCACGGCTGATGGTCTGTTTCATGCCGCCCATCGAATAAACCTTCACTAATACTTGTGCTGATTTTTCTGCGGTGTCGATTAAACCGAAGGTTTCATCCAGCGTCGGTCCGCTGCCGAAGACGCCGTGGAAGGGCCACAACACCAGCGAATGTTTTTGCATCTCTTGTGCGGTCGCCTGGCCGCTTTCGTCAGTGCCGGGCACCATCCACGGCAACATAGCCCA‑GCAATCCGGGAATACCACCCGACACCCGGTACTGTCTTACACAAGTTGGcca > 2:226954/1‑292 (MQ=255) 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cTCGGTGCTGTCTTCCCACAGTTGGCGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGA‑AGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgactttcattacgaccagtctaa > 1:1068564‑M1/1‑231 (MQ=255) ggTGCTGTCTTCCCACAGTTGGCGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGA‑AGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgcggatcctctagagtcgacatatggtgatcctgctgaatttcattacgcccagtctacaca > 1:342104‑M1/1‑228 (MQ=255) ggTGCTGTCTTCCCACAGTTGGCGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGA‑AGTGGGGACGGCTGCGTTGGTTAACCCCCAAAGACTGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACgcatgccgctccccaataggacacctatggtgtccctgctggatttccttacgcacctttacacaa > 2:11739‑M1/1‑228 (MQ=255) | AAACGCTTGCCGAGCGCTATCAACTCTTCACGGCTGATGGTCTGTTTCATGCCGCCCATCGAATAAACCTTCACTAATACTTGTGCTGATTTTTCTGCGGTGTCGATTAAACCGAAGGTTTCATCCAGCGTCGGTCCGCTGCCGAAGACGCCGTGGAAGGGCCACAACACCAGCGAATGTTTTTGCATCTCTTGTGCGGTCGCCTGGCCGATTTCGTCCGTGCCGGGCACCATCCACGGCAAAAT‑GCCAACGCCATCCGGGAATACCACCAGACACTCGGTGCTGCCTTCCCACAGTTGGCGAGTGAAGACCGCGGTGTCGTTTTCAAGTACATAGGTGAGGGCGATCAGGTTGGTGGCGTGGCAGTGCATGATCACCCGATCTTTGCCGTTGGTGGCTTTAATGCGCTCGCAGTGGGAAAGGAAGTGAGCCGGAAGTTCGGA‑AGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACTTTTACGATGCCTAAGTTAGCCGCAGGATCAAGCTGGACGTTACGGAAGAATTTGCCCGAGCCGGT > NZ_LN832404/4089958‑4090529 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |