| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 4,160,596 | C→G | 84.1% | A162G (GCA→GGA) | btuB → | TonB‑dependent vitamin B12 receptor BtuB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,160,596 | 0 | C | G | 84.1% | 247.7 / 41.2 | 82 | A162G (GCA→GGA) | btuB | TonB‑dependent vitamin B12 receptor BtuB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/7); new base G (35/34); total (41/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.15e-01 | |||||||||||
TGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGCAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGTTGCCTATGGTAATACCGGAACGCAAGCGCAGACAGATAACGATGGTTTTTTAAGTAAAACGCTTTATGGCGCGCTGGAGCATAACTTTACTGATGCCTGGAGCGGCTTTGTGCGCGGCTATGGCTATGATAACCGTACCAATTATGACGCGTATTATTCTCCCGGTTCACCGTT > NZ_LN832404/4160305‑4160887 | tgctgcGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTcagcag < 1:533541/294‑1 (MQ=255) 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TGCTGCGCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGCAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGTTGCCTATGGTAATACCGGAACGCAAGCGCAGACAGATAACGATGGTTTTTTAAGTAAAACGCTTTATGGCGCGCTGGAGCATAACTTTACTGATGCCTGGAGCGGCTTTGTGCGCGGCTATGGCTATGATAACCGTACCAATTATGACGCGTATTATTCTCCCGGTTCACCGTT > NZ_LN832404/4160305‑4160887 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |