| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 4,443,520 | T→A | 89.1% | S979T (TCC→ACC) | tamB → | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,443,520 | 0 | T | A | 89.1% | 319.7 / 24.8 | 101 | S979T (TCC→ACC) | tamB | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/4); new base A (40/50); total (47/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTTCCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAA‑ACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGATCAACATCCCTGAAGGGC > NZ_LN832404/4443232‑4443805 | ggTTAGCGTCAGGTTACGGGTGGGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGGCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTc < 2:860513/294‑1 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aTTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGACTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTTCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCTCGGCTGACGGGCTGTCCCAATTTCGTTCAGGACCA‑AACAGGGCTGGGGCTGGAAGGGccgct > 2:161859/1‑290 (MQ=255) tCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGACGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGGTCTCAAAGTCGATCGAGACAA‑ACAAGGGATCGGTCTGGACGGGACGATCa > 2:658885/1‑294 (MQ=255) cTACACCAAACCTTGTGTCCCTCGATGGTCGCGTTGATGTCCCTGTGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCTAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAA‑ACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGATCAACATcc < 1:390154/294‑1 (MQ=255) tACACCAAACCTGTTTTCCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAA‑ACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGATCAACATccc > 1:791080/1‑294 (MQ=255) tACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAA‑ACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGATCAACATccc < 1:391772/294‑1 (MQ=255) gaacccAACCCTGGTGTCCCACGGTGTTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGGGCACGCTCTGCGGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCTGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACTGCGTCGATTCCGAGTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAA‑ACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGATCAACATccc < 2:380026/290‑1 (MQ=255) cacCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAA‑ACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCCGATCAACATCCCTg > 1:565601/1‑294 (MQ=255) ccAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCCCGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATTTCAATGTCGTTCCGGACAA‑ACCAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGCACAACATCCCTgca > 2:438927/1‑292 (MQ=255) gccTGTTACCTCTCGATGGTCGCGTGGATGTACCTTGGGCGCGCATCGGGGTGCACGAGCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGGGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAA‑ACAAGGGCTGGGTCGGAACGGGCAGATCAACATCCCTGAAGGgc < 1:258416/293‑1 (MQ=255) | GGTCAGCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTTCCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGTGGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAA‑ACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGATCAACATCCCTGAAGGGC > NZ_LN832404/4443232‑4443805 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |