Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC | NZ_LN832404 | 932,107 | Δ168 bp | 100% | [EK12AG100_RS04715] | [EK12AG100_RS04715] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_LN832404 | = 932106 | 0 (0.000) | 4 (0.040) | 4/554 | NT | 100% | coding (5/1605 nt) | EK12AG100_RS04715 | aspartate:alanine antiporter |
? | NZ_LN832404 | 932275 = | 0 (0.000) | intergenic (‑165/‑354) | EK12AG100_RS04715/EK12AG100_RS04720 | aspartate:alanine antiporter/hypothetical protein |
ATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGATCGAACCAAGTCGTAACTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTAACTTTCCGAGACATAGCCCAAGCGCGAGGACCACAAATAATAACAGAATGTAATTCCCATTTAACAATTCGGCGACGTTTATATTCACGGAGGCTAACTTCTTGTTTACTAGTAAGCTGTTGAAAGAAATGGTAATTTACGATAATGTTTTTTACCAGAATTCAGGGCGCAGATTCATTCAGCGCACCTAAACGATAGTAAAGTAACAATATATTTTACTAGTGTAATCACATTAGGTATCAACGGCTATATGAATTGCGTTGGCCTATATTAGCATGGAATGCGAAGC > NZ_LN832404/931983‑932560 | ttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTAACttt > 1:269316‑M1/203‑294 (MQ=255) tcaccggcggcgacagcaggaagagttcattcctgggattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTAACTTTc > 2:186779‑M1/202‑294 (MQ=255) ggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATCTTGGTTGTCTGGAGGTTCAGGGGGCCAGTCTAGTAACTTCCCgaga < 2:211786‑M1/98‑1 (MQ=255) ggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTAACTTTCCtaga < 1:92326‑M1/98‑1 (MQ=255) 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TCTAGTAACTTTCCGAGACATAGCCCAAGCGCGAGGACCACAAATAATAACAGAATGTAATTCCCATTTAACAATTCGTCGACGTTTATATTCACGGAGGCTAACTTCTTGTTTACTAGTAAGCTGTTGAAAGAAATGGTAATTTACGATAATGTTTTTTACCAGAATTCAGGGCGCAGATTCATTCAGCGCACCTAAACGATAGTAAAGTAACAATATATTTTACTAGTGTAATCACATTAGGTATCAACGGCTATATGAATTGCGTTGGCCTATATTAGCATGGAATGCGaa > 1:509591‑M1/1‑294 (MQ=255) TAGTAACTCTCCGAGACATAGCCCAAGTGCGAGGACCACAAATAATAACAGAAAGTAATGCCCATTTAACAATTCGGCGACGTTTATATTCACGGAGGCTAACTTCTTGTTTACTAGTAAGCTGTTGAAAGAAATGGTAATTTACGATAATGTTTTTTACCAGAATTCAGGGCGCAGATTCATTCAGCGCACCTAAACGATAGTAAAGTAACAATATATTTTACTAGTGTAATCACATTAGGTATCAACGGCTATATGAATTGCGTTGGCCTATATTAGCATGGAATGCGAAGc > 1:13583‑M1/1‑294 (MQ=255) | ATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGATCGAACCAAGTCGTAACTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTAACTTTCCGAGACATAGCCCAAGCGCGAGGACCACAAATAATAACAGAATGTAATTCCCATTTAACAATTCGGCGACGTTTATATTCACGGAGGCTAACTTCTTGTTTACTAGTAAGCTGTTGAAAGAAATGGTAATTTACGATAATGTTTTTTACCAGAATTCAGGGCGCAGATTCATTCAGCGCACCTAAACGATAGTAAAGTAACAATATATTTTACTAGTGTAATCACATTAGGTATCAACGGCTATATGAATTGCGTTGGCCTATATTAGCATGGAATGCGAAGC > NZ_LN832404/931983‑932560 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |