| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_LN832404 | = 1423459 | NA (NA) | 3 (0.030) | 3/566 | NT | 2.3% | intergenic (+146/‑127) | EK12AG100_RS07185/EK12AG100_RS07190 | IS5‑like element IS5 family transposase/DUF2534 family protein |
| ? | NZ_LN832404 | = 1998559 | 127 (1.290) | intergenic (‑264/‑32) | uvrY/EK12AG100_RS25670 | UvrY/SirA/GacA family response regulator transcription factor/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GTGGTCATCAACAAGTAGAACGTTGATCAAAGGAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCTCTCGTTTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTG‑ACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAACCCGAACAATACGGGCAAAAAACATTCATGATAAAAATATTTATTGGTCATTATATTAACGTATTTTATAGCACTGCCGATATCACGCTCAAAAAACAACCACTGCTATTTTTAGCAAAGCTTATGGTATACTCCGCCGCCTTAACATTTTTCACCGCAAATTTTCATTGCAACATGACGAGGAAAATAAATGAGTACGCCTGATTTTTCTACTGCCGAGAATAATCAAGAACTGGCAAATGAAGTCTCCTGCCTGAAAGCGATGCTGACGCTGATGCTGCAGGC > NZ_LN832404/1998266‑1998848 | gttatcaACAAGTAGAACGTTGATCAAAGGAAGAGCGCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGGTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCTCTCGTTTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTG‑ACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACattaatta < 2:625064/291‑1 (MQ=255) gTCATCAACAAGTAGAACGTTGATCAAAGGAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCTCTCGTTTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTG‑ACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACattaatta < 1:862328/294‑1 (MQ=255) tcaACGAGTAGAACGTTGAGCAAAGTAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTGTAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCTCTCGTTTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTG‑ACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAAGCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAAccc < 1:109584/294‑1 (MQ=255) tcaACAAGGAGAACGTTGATTAAAGGAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGAGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCTCTCGTTTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTGACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTG‑ACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAAccc < 1:276433/294‑1 (MQ=255) aGTAGAACGTTGATCAAAGGAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCTCTCGTTTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTG‑ACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAACCCGAACaa < 1:338207/294‑1 (MQ=255) aaCGTTGATCAAAGGAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCTCTCGTTTTTTTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTG‑ACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAACCCGACCAATACgg < 1:860690/294‑1 (MQ=255) aaCGTTGATCAAAGGAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCTCTCGTTTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTG‑ACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAACCCGAACAATACgg < 1:347713/294‑1 (MQ=255) 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atGTAACATGAATAAAACCGAGAAAAACAGGCAAAAAACATTCTTGATAAAAATGTTTACTGGTCATTATAAGAAAGAATTATACAGCACGGCCGATAGATCGGTCAAAAATCAACCACGGCTATTTTTAGCAAATCTTATAGTATACTCCGCCGCCTTAACATTTTTCACCGCAAATTTTCATTGCAACATGACGATGAAAATAAATGAGTACGCCTGATTTTTCTACTTCCGAGAATAATCAAGAACTGGCAAATGAAGTCTCCTGCCTGAAAGCGATGCTGACGCTGAtgc < 2:846384/294‑1 (MQ=255) aCATTAATTAACCCGAACAATACGGGCAAAAAACATTCATGATAAAAATATTTATTGGTCATTATATTAACGTATTTTATAGCACTGCCGATATCACGCTCAAAAAACAACCACTGCTATTTTTAGCAAAGCTTATGGTATACTCCGCCGCCTTAACATTTTTCACCGCAAATTTTCATTGCAACATGACGAGGAAAATAAATGAGTACGCCTGATTTTTCTACTGCCGAGAATAATCAAGAACTGGCAAATGAAGTCTCCTGCCTGAAAGCGATGCTGACGCTGATGCTGCAg < 1:495041/294‑1 (MQ=255) attaattaACCCGAACAATACGGGCAAAAAACATTCATGATAAAAATATTTATTGGTCATTATATTAACGTATTTTATAGCACTGCCGATATCACGCTCAAAAAACAACCACTGCTATTTTTAGCAAAGCTTATGGTATACTCCGCCGCCTTAACATTTTTCACCGCAAATTTTCATTGCAACATGACGAGGAAAATAAATGAGTACGCCTGATTTTTCTACTGCCGAGAATAATCAAGAACTGGAAAATGAAGTCTCCTGCCTGAAAGCGATGCTGACGCTGATGCTGCAGGc > 1:791810/1‑294 (MQ=255) | GTGGTCATCAACAAGTAGAACGTTGATCAAAGGAATATCTCCAGAAATAGGGATAACGCTACTGATAGTTAGTCATTCGTATATTAGCGGTTTTTATTGCAACTTTGAAACGTTAAAAATGGTGGGTATTCGATTTTTCTCTCGTTTTTGTCAATTCGATTGTCCACAGTTATGGTCACGCCCGTCACCAACGGCTTACCGGATCGTTTCACAGTAAGCCCTACGATGAAATGTG‑ACAAAAATTGACTTTATTCAGCAAAAATGAAAATCAGCCCGCTGAATATGTAACATTAATTAACCCGAACAATACGGGCAAAAAACATTCATGATAAAAATATTTATTGGTCATTATATTAACGTATTTTATAGCACTGCCGATATCACGCTCAAAAAACAACCACTGCTATTTTTAGCAAAGCTTATGGTATACTCCGCCGCCTTAACATTTTTCACCGCAAATTTTCATTGCAACATGACGAGGAAAATAAATGAGTACGCCTGATTTTTCTACTGCCGAGAATAATCAAGAACTGGCAAATGAAGTCTCCTGCCTGAAAGCGATGCTGACGCTGATGCTGCAGGC > NZ_LN832404/1998266‑1998848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |