| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_LN832404 | = 1472893 | NA (NA) | 4 (0.040) | 4/564 | NT | 4.3% | intergenic (‑45/‑51) | EK12AG100_RS07405/EK12AG100_RS25610 | IS3‑like element IS2 family transposase/phage tail protein |
| ? | NZ_LN832404 | = 1498734 | 89 (0.900) | intergenic (‑9/‑208) | EK12AG100_RS07510/EK12AG100_RS07515 | LysR family transcriptional regulator/VOC family protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTTACGATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGATGAGATTCGGGAACAGTTTTCGCAGGCAATGTCAGCCATGTACCAGCAAGAAGTTCCGC > NZ_LN832404/1498441‑1499023 | tttACGATAAAGCAACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGGCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTTACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGT > 2:8882‑M2/1‑294 (MQ=255) ttACGATGGAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTACAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGtt < 1:683751/294‑1 (MQ=255) gttGAAACGACCGGCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTGAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTCAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTaaaa < 2:573901/292‑1 (MQ=255) aTGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTaaaaa > 2:802857/1‑294 (MQ=255) aaGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATATGCGTTGTTAAAAACGa > 1:254172/1‑294 (MQ=255) aGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGaa > 1:436615/1‑294 (MQ=255) ccGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGTCGACCACGCTAAAACAAGCGAGCGCAAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGCGCGCAGGTGGACTCAAATGAAGGATTTCAGCCGCGAGCCCCAAAGTTACTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGGATGATGGTGGCGCAAACGGATGCGCTTGCTACAGACGTTATTTTTTTCCATTACCCAATTTAAAAAGAACGCGgt > 2:124311/1‑294 (MQ=255) 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aCTCTGACTGCATGAGCTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTCAGAGAGCGCAGGTTGACCCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGCATGAAGGTGGCGCAAACGCATGCGCTGACTAAACCGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGGGTCGCTGGCACGTGAAgttgttggcttc > 2:234006/1‑288 (MQ=255) ctctGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTAt < 1:229907/294‑1 (MQ=255) tGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCCAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGACGTTGTTTGATTATGATAACt > 1:506465/1‑294 (MQ=255) 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gATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACCGGCGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGATGATATTCGGGAACAGTTTTCGCCGGCCATGTCCGCCAGGTACCAGCACACAGTTCCGc > 2:835255/1‑294 (MQ=255) gATGTTAAAAACGAAGCGGTGTAGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGAGAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTGCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGATGAGATTCGGGAACAGTTTTCGCAGGCAATGTCAGCCATGTACCAGCAAGAAGTTCCGc < 2:854722/294‑1 (MQ=255) gATGTTAAAAACGAAGCGGGGTAGCGGAAAAGGGAAGGTGGTTGATTATGATAACTGGATTGCAAAAGATTATTAACAAGTAAAGCAATTATGTGACAGCAAAATGGATAAGATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTGTGTAAATTCTGCCCGCAAGAGTGAATGCGGGTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGATGAGATTCGGGAACAGTTTTCGCAGGCAATGTCAGCCATGTACCAGCAAGAAGTTCCGc < 2:351438/294‑1 (MQ=255) | TTTACGATGAAGCGACCGTCCGGCAGTGTTGATGGCGTCAAGAACTCTGACTGCATGCGTTAAAAATTGTTCGCCGGGTAAGGTAAGTTGCGCCCCCTGACGACCACGCTCAAACAAGCGAGCGCCAGTCAGCTGCTCCAGTTCATTCAATGTCTTAGAGAGCGCAGGTTGACTCAAATTAAGGGTTTCAGCCGCGCGCCCCAAAGTTCCTTGTTGTGCGACAGCTACGAATGTATGAAGGTGGCGCAAACGGATGCGCTGACTAAACAGACTATTTTTTTCCATAAGCGATGTTAAAAACGAAGCGGTGTCGCTGACAAGTGAAGTTGTTTGATTATGATAACTTGATTGCAAAATATTATTAACAATTAAAGCAATTATGTTACAGCAAAATGGATAATATTGATGTTTTCGCGGCGAGATCACAGTTTGTAAATTCTTCCCGCAAGAGTGAATGCGGTTACCTACACTCCAGATTACTGACCACTGGAGGCAGACACTATGGCGAACAGCATCACGGCGGATGAGATTCGGGAACAGTTTTCGCAGGCAATGTCAGCCATGTACCAGCAAGAAGTTCCGC > NZ_LN832404/1498441‑1499023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |