| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 210,842 | C→T | 10.3% | A332A (GCC→GCT) | ldcC → | lysine decarboxylase LdcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 210,842 | 0 | C | T | 10.3% | 253.3 / 16.9 | 87 | A332A (GCC→GCT) | ldcC | lysine decarboxylase LdcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/39); new base T (4/5); total (43/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
GGCAGTACGCTGTTGATCGACCGCAATTGTCATAAATCGCTGGCGCATCTGTTGATGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGATTCTTGGTGGGATCCCGCGCCGTGAATTTACTCGCGACAGCATCGAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTACACCCATTTTCATCCGATCTACCAGGGTAAAAGTGGTATGAGCGGCGAGCGTGTTGCGGGAAAAGTGATCTTCGAAACGCAATCGACCCACAAAATGCTGGCGGCGTTATCGCAGGCTTCGCTGATCCACATTAAAGGCGAGTATGACGAAGAGGCCTTTAACGAAGCCTTTATGATGCATACCACCACCTCGCCCAGTTATCCCATTGTTGCTTCGGTTGAGACGGCGGCGGCGATGCTGCGTGGTAATCCGGGCAAACGGCTGATTAACCGTTCAGTAGA > NZ_LN832404/210549‑211135 | ggCAGTACGCTGTTGATCGACCGCAATTGTCATAAATCGCTGGCGCATCTGTTGATGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGATTCTTGGTGGGATCCCGCGCCGTGAATTTACTCGCGACAGCATCGAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGcc > 1:79128/1‑294 (MQ=255) ggTACGCTGTGGATGGACCGCAATTGTCATAAATCGCTGGCGCATCTGTTGATGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGATTCTTGGTGGGATCCCGCGCCGTGAATTTACTCGCGACAGCATCGAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTgg < 2:248188/293‑1 (MQ=255) aGTACGCTGTTGATCGACCGCAATTGTCATAAATCGCTGGCGCATCTGTTGATGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGATTCTTGGTGGGATCCCGCGCCGTGAATTTACTCGCGACAGCATCGACGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCACCTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACACACCCGACTGGCACACACAGAAGCGGGAAGTCCCGTCGATTCACTTCGAGTCTGACTgg > 2:777688/1‑294 (MQ=255) aCCGCAATTGTCATAAACCGCTGGCGCATCTGTTGATGATGAACGATGTAGTGCCAGTCTGGCTGAAACCGACGCGTAATGCGTTGGGGATTCTTGGTGGGATCCCGCGCCGTGAATTTACTCGCGACAGCATCGAAGAGAAAGTCGCTGCTACCACGCAAGCACAATGGCCGGTTCATGCGGTGATCACCAACTCCACCTATGATGGCTTGCTCTACAACACCGACTGGATCAAACAGACGCTGGATGTCCCGTCGATTCACTTCGATTCTGCCTGGGTGCCGTACACCCAtt > 1:5098/1‑294 (MQ=255) 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